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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16154 | ||||||||||||
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タイトル | Map of the GroEL-ES-ATP complex plunge-frozen 50 ms after mixing with ATP | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | GroEL / GroES / CHAPERONE | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Dhurandhar M / Torino S / Efremov R | ||||||||||||
資金援助 | European Union, ベルギー, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023 タイトル: Time-resolved cryo-EM using a combination of droplet microfluidics with on-demand jetting. 著者: Stefania Torino / Mugdha Dhurandhar / Annelore Stroobants / Raf Claessens / Rouslan G Efremov / 要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) allows reconstruction of high-resolution structures of proteins in different conformations. Protein function often involves transient ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) allows reconstruction of high-resolution structures of proteins in different conformations. Protein function often involves transient functional conformations, which can be resolved using time-resolved cryo-EM (trEM). In trEM, reactions are arrested after a defined delay time by rapid vitrification of protein solution on the EM grid. Despite the increasing interest in trEM among the cryo-EM community, making trEM samples with a time resolution below 100 ms remains challenging. Here we report the design and the realization of a time-resolved cryo-plunger that combines a droplet-based microfluidic mixer with a laser-induced generator of microjets that allows rapid reaction initiation and plunge-freezing of cryo-EM grids. Using this approach, a time resolution of 5 ms was achieved and the protein density map was reconstructed to a resolution of 2.1 Å. trEM experiments on GroEL:GroES chaperonin complex resolved the kinetics of the complex formation and visualized putative short-lived conformations of GroEL-ATP complex. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16154.map.gz | 132.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16154-v30.xml emd-16154.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16154_fsc.xml | 14 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16154.png | 78 KB | ||
その他 | emd_16154_half_map_1.map.gz emd_16154_half_map_2.map.gz | 182.3 MB 182.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16154 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16154 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16154_validation.pdf.gz | 938.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16154_full_validation.pdf.gz | 937.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16154_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16154_validation.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16154 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16154 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8bk7C 8bk8C 8bk9C 8bkaC 8bkbC 8bkgC 8bkzC 8bl2C 8bl7C 8blcC 8bldC 8bleC 8blfC 8blyC 8bm0C 8bm1C 8bmdC 8bmoC 8bmtC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16154_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16154_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings
全体 | 名称: Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings |
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要素 |
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-超分子 #1: Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings
超分子 | 名称: Hetero 14mer assembled from 2 heptameric rings / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 950 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8 mg/mL | ||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS | ||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4195 / 平均電子線量: 63.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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