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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15870 | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of the human Sec61-TRAP-OSTA-translocon | ||||||||||||
マップデータ | subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligosaccharyltransferase complex binding / oligosaccharyltransferase I complex / oligosaccharyltransferase III complex / membrane-bounded organelle / Asparagine N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum Sec complex / co-translational protein modification / pronephric nephron development / endoplasmic reticulum quality control compartment / oligosaccharyltransferase complex ...oligosaccharyltransferase complex binding / oligosaccharyltransferase I complex / oligosaccharyltransferase III complex / membrane-bounded organelle / Asparagine N-linked glycosylation / endoplasmic reticulum Sec complex / co-translational protein modification / pronephric nephron development / endoplasmic reticulum quality control compartment / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / cotranslational protein targeting to membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein targeting to ER / protein insertion into ER membrane / XBP1(S) activates chaperone genes / protein N-linked glycosylation via asparagine / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / endoplasmic reticulum organization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / post-translational protein targeting to membrane, translocation / protein N-linked glycosylation / epithelial cell apoptotic process / epidermal growth factor binding / azurophil granule membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein glycosylation / blastocyst development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein transmembrane transporter activity / endomembrane system / ERAD pathway / rough endoplasmic reticulum / enzyme activator activity / T cell activation / response to endoplasmic reticulum stress / post-translational protein modification / guanyl-nucleotide exchange factor activity / response to cytokine / calcium channel activity / protein modification process / regulation of protein stability / melanosome / ribosome binding / ER-Phagosome pathway / Maturation of spike protein / membrane => GO:0016020 / nuclear body / inflammatory response / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gemmer M / Fedry JMM / Forster FG | ||||||||||||
資金援助 | European Union, オランダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Visualization of translation and protein biogenesis at the ER membrane. 著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C ...著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C Howes / Abhay Kotecha / Juliette Fedry / Friedrich Förster / 要旨: The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane ...The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane insertion, N-glycosylation, folding and disulfide-bond formation of nascent proteins. Although individual components of this machinery have been studied at high resolution in isolation, insights into their interplay in the native membrane remain limited. Here we use cryo-electron tomography, extensive classification and molecular modelling to capture snapshots of mRNA translation and protein maturation at the ER membrane at molecular resolution. We identify a highly abundant classical pre-translocation intermediate with eukaryotic elongation factor 1a (eEF1a) in an extended conformation, suggesting that eEF1a may remain associated with the ribosome after GTP hydrolysis during proofreading. At the ER membrane, distinct polysomes bind to different ER translocons specialized in the synthesis of proteins with signal peptides or multipass transmembrane proteins with the translocon-associated protein complex (TRAP) present in both. The near-complete atomic model of the most abundant ER translocon variant comprising the protein-conducting channel SEC61, TRAP and the oligosaccharyltransferase complex A (OSTA) reveals specific interactions of TRAP with other translocon components. We observe stoichiometric and sub-stoichiometric cofactors associated with OSTA, which are likely to include protein isomerases. In sum, we visualize ER-bound polysomes with their coordinated downstream machinery. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15870.map.gz | 149.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15870-v30.xml emd-15870.xml | 32.8 KB 32.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15870.png | 94.6 KB | ||
その他 | emd_15870_half_map_1.map.gz emd_15870_half_map_2.map.gz | 82.5 MB 82.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15870 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15870 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15870_validation.pdf.gz | 834.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15870_full_validation.pdf.gz | 834.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15870_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15870_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15870 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15870 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8b6lMC 8b6zC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.724 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon
ファイル | emd_15870_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon
ファイル | emd_15870_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | subtomogram average of the Sec61-TRAP-OSTA translocon | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Sec61-TRAP-OSTA translocon complex
+超分子 #1: Sec61-TRAP-OSTA translocon complex
+分子 #1: Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
+分子 #2: Protein transport protein Sec61 subunit beta
+分子 #3: Protein transport protein Sec61 subunit gamma
+分子 #4: Signal peptide mix
+分子 #5: Translocon-associated protein subunit alpha
+分子 #6: Translocon-associated protein subunit beta
+分子 #7: Translocon-associated protein subunit gamma
+分子 #8: Translocon-associated protein subunit delta
+分子 #9: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...
+分子 #10: Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC
+分子 #11: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...
+分子 #12: Transmembrane protein 258
+分子 #13: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...
+分子 #14: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48...
+分子 #15: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...
+分子 #16: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: Manual plunger. |
詳細 | ER-derived vesicles decorated with cytosolic ribosomes. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 7-7 / 撮影したグリッド数: 8 / 平均露光時間: 0.7 sec. / 平均電子線量: 2.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 79000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 42215 |
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抽出 | トモグラム数: 869 / 使用した粒子像数: 134350 参照モデル: Subtomogram average of ER membrane-associated ribosome 手法: Template matching / ソフトウェア - 名称: PyTom (ver. 0.994) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8b6l: |