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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11659 | |||||||||
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タイトル | The contracted tail of myophage vb_EcoM_CBA120 (CBA120) | |||||||||
マップデータ | Contracted tail of bacteriophage CBA120 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia virus CBA120 (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Nazarov S / Leiman P | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of myophage CBA120 from 'Viunalikevirus' genus 著者: Nazarov S / Taylor N / Leiman P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11659.map.gz | 58.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11659-v30.xml emd-11659.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11659_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11659.png | 403.7 KB | ||
その他 | emd_11659_half_map_1.map.gz emd_11659_half_map_2.map.gz | 48 MB 48 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11659 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11659 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11659_validation.pdf.gz | 510.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11659_full_validation.pdf.gz | 509.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11659_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11659_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11659 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11659 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10505 (タイトル: The contracted tail of myophage vb_EcoM_CBA120 (CBA120) Data size: 674.2 Data #1: Compressed unaligned gain-corrected multi-frame micrographs of bacteriophage CBA120 in "contracted" state [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Contracted tail of bacteriophage CBA120 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11659_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11659_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia virus CBA120
全体 | 名称: Escherichia virus CBA120 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia virus CBA120
超分子 | 名称: Escherichia virus CBA120 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1987159 / 生物種: Escherichia virus CBA120 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 名称: SM |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |