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- PDB-1l2w: Crystal Structure of the Yersinia Virulence Effector YopE Chapero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l2w
タイトルCrystal Structure of the Yersinia Virulence Effector YopE Chaperone-binding Domain in Complex with its Secretion Chaperone, SycE
要素
  • Outer membrane virulence protein yopE
  • YopE regulator
キーワードCHAPERONE / CHAPERONE AND VIRULENCE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / negative regulation of phagocytosis / GTPase activator activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
YopE, N-terminal domain / YopE, N terminal / Bacterial Rho GTPase-activating protein (GAP) domain profile. / Type III secretion chaperone SycE / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family ...YopE, N-terminal domain / YopE, N terminal / Bacterial Rho GTPase-activating protein (GAP) domain profile. / Type III secretion chaperone SycE / Type III secretion system effector protein YopE-like / Virulence factor YopE, GAP domain / Virulence factor YopE, GAP domain superfamily / Yersinia virulence determinant (YopE) / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
YopE regulator / Outer membrane virulence protein YopE
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Birtalan, S.C. / Phillips, R.M. / Ghosh, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Three-dimensional secretion signals in chaperone-effector complexes of bacterial pathogens.
著者: Birtalan, S.C. / Phillips, R.M. / Ghosh, P.
履歴
登録2002年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE SYCE PROTEIN, CHAINS A-H, MATCHES SWISS PROT ENTRY P31491, WHOSE ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THE SYCE PROTEIN, CHAINS A-H, MATCHES SWISS PROT ENTRY P31491, WHOSE SOURCE IS YERSINIA PESTIS. THE SOURCE OF THE SYCE PROTEIN IN THIS ENTRY IS YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS. THERE IS AN EXTRA GLYCINE, RESIDUE 1, IN CHAINS A-H WHICH WAS INSERTED FOR CLONING PURPOSES, and the last 8 residues were cleaved to yield residues 0-122. The N- and C- terminal residues of chains I-L were cleaved to yield residues 17-85.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YopE regulator
B: YopE regulator
C: YopE regulator
D: YopE regulator
E: YopE regulator
F: YopE regulator
G: YopE regulator
H: YopE regulator
I: Outer membrane virulence protein yopE
J: Outer membrane virulence protein yopE
K: Outer membrane virulence protein yopE
L: Outer membrane virulence protein yopE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,86112
ポリマ－139,86112
非ポリマー00
水6,521362
1
A: YopE regulator
B: YopE regulator
I: Outer membrane virulence protein yopE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9653
ポリマ－34,9653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7500 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
2
C: YopE regulator
D: YopE regulator
J: Outer membrane virulence protein yopE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9653
ポリマ－34,9653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
3
E: YopE regulator
F: YopE regulator
K: Outer membrane virulence protein yopE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9653
ポリマ－34,9653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
4
G: YopE regulator
H: YopE regulator
L: Outer membrane virulence protein yopE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9653
ポリマ－34,9653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area13370 Å2
手法PISA
5
C: YopE regulator
D: YopE regulator
G: YopE regulator
H: YopE regulator
J: Outer membrane virulence protein yopE
L: Outer membrane virulence protein yopE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9306
ポリマ－69,9306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16950 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
6
A: YopE regulator
B: YopE regulator
I: Outer membrane virulence protein yopE

E: YopE regulator
F: YopE regulator
K: Outer membrane virulence protein yopE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9306
ポリマ－69,9306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area16970 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area25050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.845, 73.352, 74.263
Angle α, β, γ (deg.)103.37, 109.18, 107.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
YopE regulator / YOPE CHAPERONE SYCE


分子量: 13843.607 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: syce / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0N9NJF3*PLUS
#2: タンパク質
Outer membrane virulence protein yopE


分子量: 7277.952 Da / 分子数: 4 / Fragment: Chaperone-binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
遺伝子: yope / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08008
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 8000, sodium tartrate, sodium acetate, dithiothreitol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1120 mg/mlprotein11
210 mMTris11pH8.0
31 mMdithiothreitol11
418 %(w/v)PEG800012
550 mMsodium tartrate12
6100 mMsodium acetate12pH4.6
71 mMdithiothreitol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→20 Å / Num. all: 87145 / Num. obs: 84804 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 18.22
反射 シェル解像度: 1.99→2.03 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique all: 4425 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 96.7 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1jya

1jya


解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: atomic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 4252 -random 5%
Rwork0.251 ---
all-84845 --
obs-84804 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.81 Å22.387 Å25.289 Å2
2--1.204 Å2-1.036 Å2
3----3.013 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9232 0 0 362 9594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3828 404 -
Rwork0.3497 --
obs-7992 91.9 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 77053 / Num. reflection Rfree: 4091 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.249 / Rfactor Rfree: 0.274 / Rfactor Rwork: 0.249
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.3497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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