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万見
- PDB-1jes: Crystal Structure of a Copper-Mediated Base Pair in DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jes
タイトルCrystal Structure of a Copper-Mediated Base Pair in DNA
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*(DPY)P*AP*TP*(DRP)P*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / Cu / copper / Z-DNA / dodecamer / duplex / unnatural / designed
機能・相同性COPPER (II) ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Atwell, S. / Meggers, E. / Spraggon, G. / Schultz, P.G.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Structure of a Copper-Mediated Base Pair in DNA
著者: Atwell, S. / Meggers, E. / Spraggon, G. / Schultz, P.G.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2000
タイトル: A Novel Copper-Mediated DNA Base Pair
著者: Meggers, E. / Holland, P.L. / Tolman, W.B. / Romesberg, F.E. / Schultz, P.G.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1981
タイトル: Left-handed double helical DNA: variations in the backbone conformation
著者: Wang, A.G.-J. / Quigley, G.J. / Kolpak, F.J. / van Der Marel, G. / van Boom, J.H. / Rich, A.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Structure of a B-DNA dodecamer: conformation and dynamics
著者: Drew, H.R. / Wing, R.M. / Takano, T. / Broka, C. / Tanaka, S. / Itakura, K. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2001年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*(DPY)P*AP*TP*(DRP)P*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*(DPY)P*AP*TP*(DRP)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4244
ポリマ－7,2972
非ポリマー1272
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.343, 34.359, 31.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*(DPY)P*AP*TP*(DRP)P*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3648.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% MPD, 40 mM Na Cacodylate, 12 mM Spermine tetra-HCl, 80 mM NaCl, 20 mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Na Cacodylate11
3Spermine tetra-HCl11
4NaCl11
5MgCl211

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.37991,1.37791,1.0
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月6日 / 詳細: Curved Si (111)
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.379911
21.377911
311
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 47272 / Num. obs: 47190 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 14.058 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 46.7
反射 シェル解像度: 1.49→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.686 / % possible all: 84.1
反射
*PLUS
Num. obs: 8531 / Num. measured all: 47272 / Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84.1 % / Rmerge(I) obs: 0.686

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: initial map fit with mononucleotides

解像度: 1.5→50 Å / 交差検証法: free r / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996).
詳細: The fofc maps indicated an alternate conformation for the phosphate of B23, and so the structure was refined with two conformations for the phosphate of B23 (excepting the O5') and most of ...詳細: The fofc maps indicated an alternate conformation for the phosphate of B23, and so the structure was refined with two conformations for the phosphate of B23 (excepting the O5') and most of residue B22 (excepting O5'), each with 0.5 occupancy.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 682 8 %Random 8%
Rwork0.169 ---
all-8520 --
obs-8520 98 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.399 Å20 Å2-0.784 Å2
2---0.007 Å20 Å2
3---0.406 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 505 2 82 589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00893
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.56
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 8531 / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor obs: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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