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万見
- PDB-1ixy: Ternary complex of T4 phage BGT with UDP and a 13 mer DNA duplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ixy
タイトルTernary complex of T4 phage BGT with UDP and a 13 mer DNA duplex
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*3DRP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'
  • DNA beta-glucosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/DNA / protein-dna complex / base-flipping / abasic site / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA beta-glucosyltransferase / DNA beta-glucosyltransferase activity / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能
DNA beta-glucosyltransferase, bacteriophage / Bacteriophage T4 beta-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA beta-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lariviere, L. / Morera, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: A Base-flipping Mechanism for the T4 Phage beta-Glucosyltransferase and Identification of a Transition-state Analog
著者: Lariviere, L. / Morera, S.
履歴
登録2002年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*3DRP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*3DRP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'
A: DNA beta-glucosyltransferase
B: DNA beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,34014
ポリマ－97,1046
非ポリマー1,2368
水4,324240
1
C: 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*3DRP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'
A: DNA beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2177
ポリマ－48,5523
非ポリマー6654
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*3DRP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'
B: DNA beta-glucosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1237
ポリマ－48,5523
非ポリマー5714
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.9, 56.4, 99.1
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.3, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CDEF

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*TP*AP*CP*TP*3DRP*AP*GP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 3890.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*TP*C)-3'


分子量: 3941.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA beta-glucosyltransferase / BGT


分子量: 40719.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: BGT / プラスミド: pBSK / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04547, DNA beta-glucosyltransferase

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非ポリマー , 4種, 248分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, tert-butanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2tert-butanol11
3MPD12
結晶化
*PLUS
詳細: Lariviere, L., (2002) Acta Crystallogr., Sect.D, 58, 1484.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMDNA1drop
250 mMBGT1drop
30.5 mMUDP-glucose1drop
422 %MPD1drop
52 %t-butanol1drop
644 %MPD1reservoir
74 %t-butanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月17日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 30519 / Num. obs: 30397 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique all: 4374 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.102

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1JG6

1jg6


解像度: 2.5→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1507 -RANDOM
Rwork0.209 ---
all-30519 --
obs-30397 99.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5738 1038 53 264 7093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00672
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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