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- PDB-1ilp: CXCR-1 N-TERMINAL PEPTIDE BOUND TO INTERLEUKIN-8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ilp
タイトルCXCR-1 N-TERMINAL PEPTIDE BOUND TO INTERLEUKIN-8
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 1
  • Interleukin-8 (precursor)
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / chemokine receptor activity / negative regulation of cell adhesion molecule production / CXCR chemokine receptor binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / embryonic digestive tract development ...regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / chemokine receptor activity / negative regulation of cell adhesion molecule production / CXCR chemokine receptor binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / embryonic digestive tract development / neutrophil activation / induction of positive chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / chemokine activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Interleukin-10 signaling / cellular response to interleukin-1 / regulation of cell adhesion / neutrophil chemotaxis / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / secretory granule membrane / response to endoplasmic reticulum stress / Peptide ligand-binding receptors / calcium-mediated signaling / response to molecule of bacterial origin / receptor internalization / G protein-coupled receptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / chemotaxis / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / signal transduction / : / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 1 / CXC chemokine receptor 1/2 / CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily ...CXC chemokine receptor 1 / CXC chemokine receptor 1/2 / CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / : / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-8 / C-X-C chemokine receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Skelton, N.J. / Quan, C. / Lowman, H.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Structure of a CXC chemokine-receptor fragment in complex with interleukin-8.
著者: Skelton, N.J. / Quan, C. / Reilly, D. / Lowman, H.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 1997
タイトル: Peptide Based Inhibitors of Il-8: Structural Simplification and Improved Potency
著者: Attwood, M.R. / al., et
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Three-Dimensional Structure of Il-8 in Solution
著者: Clore, G.M. / Appella, E. / Yamada, M. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1998年12月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年3月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _entity_name_com.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 3.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-8 (precursor)
B: Interleukin-8 (precursor)
C: C-X-C chemokine receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8723
ポリマ－18,8723
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3760 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10970 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40LEAST RESTRAINT VIOLATION ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-8 (precursor) / IL-8 / C-X-C motif chemokine 8 / Chemokine (C-X-C motif) ligand 8 / Emoctakin / Granulocyte ...IL-8 / C-X-C motif chemokine 8 / Chemokine (C-X-C motif) ligand 8 / Emoctakin / Granulocyte chemotactic protein 1 / GCP-1 / Monocyte-derived neutrophil chemotactic factor / MDNCF / Monocyte-derived neutrophil-activating peptide / MONAP / Neutrophil-activating protein 1 / NAP-1 / Protein 3-10C / T-cell chemotactic factor


分子量: 8401.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL8, IL8 / プラスミド: PPS0170 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P10145
#2: タンパク質・ペプチド C-X-C chemokine receptor type 1 / CXCR-1 / CDw128a / High affinity interleukin-8 receptor A / IL-8R A / IL-8 receptor type 1


分子量: 2068.220 Da / 分子数: 1 / Fragment: 9-29 / Mutation: L15 - G19 REPLACED BY 5-AMINOVALERIC ACID / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25024
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111ASSIGNMENT: SEE REFERENCE 1; RESTRAINTS: 3D 15N-EDITED-NOESY HSQC
1213D 13C-FILTERED
13113C-EDITED-NOESY HMQC
1412D 15N-FILTERED NOESY
1512D 13C-FILTERED NOESY (100MS)
16115N-FILTERED NOESY (ALL MIXING TIMES = 100 MS)
NMR実験の詳細Text: THE ASSIGNMENTS WERE MADE USING TRIPLE RESONANCE NMR EXPERIMENTS CONDUCTED ON 13C/15N LABELED IL-8 BOUND TO UNLABELED CXCR-1 PEPTIDE (SEE JRNL ENTRY FOR MORE DETAILS) NOE RESTRAINTS WERE ...Text: THE ASSIGNMENTS WERE MADE USING TRIPLE RESONANCE NMR EXPERIMENTS CONDUCTED ON 13C/15N LABELED IL-8 BOUND TO UNLABELED CXCR-1 PEPTIDE (SEE JRNL ENTRY FOR MORE DETAILS) NOE RESTRAINTS WERE OBTAINED FROM 15N EDITED EXPERIMENTS (INTRA IL8), 13C OR 15N FILTERED EXPERIMENTS (INTRA CXCR-1) OR 13C-FILTERED/ EDITED EXPERIMENTS (INTERMOLECULAR RESTRAINTS)

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試料調製

試料状態イオン強度: 0.15 M / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX 500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DiscoverBIOSYM精密化
MSI DISCOVERDISCOVER構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: INITIAL COORDINATES FOR IL-8 WERE TAKEN FROM PDB ENTRY 1IL8; A LINEAR CHAIN FOR THE CXCR-1 FRAGMENT WAS BUILT IN INSIGHT (MSI). THE CXCR-1 FRAGMENT WAS POSITIONED RANDOMLY WITH RESPECT TO IL8 ...詳細: INITIAL COORDINATES FOR IL-8 WERE TAKEN FROM PDB ENTRY 1IL8; A LINEAR CHAIN FOR THE CXCR-1 FRAGMENT WAS BUILT IN INSIGHT (MSI). THE CXCR-1 FRAGMENT WAS POSITIONED RANDOMLY WITH RESPECT TO IL8 - OBTAIN 40 STARTING CONFORMATIONS. THE INITIAL STRUCTURES WERE THEN REFINED USING RMD WITH THE AMBER ALL ATOM FORCE FIELD AS IMPLIMENTED WITHIN DISCOVER. ALL OF IL8 MONOMER B AND PARTS OF IL8 MONOMER A (2-7, 22-38 AND 51-72) WERE KEPT FIXED DURING THE REFINEMENT SINCE CHEMICAL SHIFT CHANGES INDICATED THAT THESE PORTION OF THE MOLECULE WERE NOT PERTURBED BY PEPTIDE BINDING. SEE JRNL ENTRY FOR MORE DETAILS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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