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万見
- PDB-1igo: Family 11 xylanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1igo
タイトルFamily 11 xylanase
要素family 11 xylanase
キーワードHYDROLASE / xylanase / endo-1 / 4-beta xylanase / family 11 xylanase / family G xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Oakley, A.J. / Thomson, C. / Heinrich, T. / Dunlop, R. / Wilce, M.C.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Characterization of a family 11 xylanase from Bacillus subtillis B230 used for paper bleaching.
著者: Oakley, A.J. / Heinrich, T. / Thompson, C.A. / Wilce, M.C.
履歴
登録2001年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: family 11 xylanase
B: family 11 xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2623
ポリマ－45,1662
非ポリマー961
水1,964109
1
A: family 11 xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5831
ポリマ－22,5831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: family 11 xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6792
ポリマ－22,5831
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.190, 52.540, 65.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 family 11 xylanase / endo-1 / 4-beta xylanase / family G xylanase


分子量: 22582.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: B230 / 参照: UniProt: Q7SID8, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, sodium cacodylate, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
225 mMhistidine1drop
330 mM3-N-morpholinopropanesulfonic acid1droppH6.5
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
50.1 Mcacodylate1reservoirpH6.5
630 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2000年8月24日 / 詳細: Ni-mirrors
放射モノクロメーター: Ni-Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 17115 / Num. obs: 16265 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.22 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 7.67
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique all: 1479 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 87.1
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 36059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.1 % / Num. unique obs: 1479 / Num. measured obs: 3107

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QH6

1qh6


解像度: 2.2→19.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1104216.33 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 832 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.208 17115 --
obs0.208 16199 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.47 Å2 / ksol: 0.382 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.12 Å20 Å2-1.69 Å2
2---6.68 Å20 Å2
3----3.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3186 0 5 109 3300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.612.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 129 5 %
Rwork0.273 2464 -
obs-2593 92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SO4.PARAMSO4.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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