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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ibr | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF RAN WITH IMPORTIN BETA | ||||||
要素 |
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キーワード | cell cycle / translation / SMALL GTPASE / NUCLEAR TRANSPORT RECEPTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / astral microtubule organization / establishment of mitotic spindle localization / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / manchette ...RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / astral microtubule organization / establishment of mitotic spindle localization / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / ribosomal protein import into nucleus / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / nuclear localization sequence binding / mitotic metaphase chromosome alignment / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / mitotic spindle assembly / sperm flagellum / viral process / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / protein export from nucleus / centriole / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / Hsp90 protein binding / recycling endosome / G protein activity / ISG15 antiviral mechanism / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / specific granule lumen / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / GDP binding / Interferon alpha/beta signaling / melanosome / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear membrane / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / Neutrophil degranulation / chromatin / GTP binding / nucleolus / enzyme binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Vetter, I.R. / Arndt, A. / Kutay, U. / Goerlich, D. / Wittinghofer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999 タイトル: Structural view of the Ran-Importin beta interaction at 2.3 A resolution 著者: Vetter, I.R. / Arndt, A. / Kutay, U. / Gorlich, D. / Wittinghofer, A. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996 タイトル: Identification of Different Roles for Rangdp and Rangtp in Nuclear Protein Import 著者: Goerlich, D. / Pante, N. / Kutay, U. / Aebi, U. / Bischoff, F.R. #2: ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 1995 タイトル: Two Different Subunits of Importin Cooperate to Recognize Nuclear Envelope Localisation Signals and Bind Them to the Nuclear Pore Envelope 著者: Goerlich, D. / Kostka, S. / Kraft, R. / Dingwall, C. / Laskey, R.A. / Hartmann, E. / Prehn, S. #3: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1995 タイトル: Sequence and Characterization of Cytoplasmic Nuclear Protein Import Factor P97 著者: Chi, N.C. / Adam, E.J. / Adam, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ibr.cif.gz | 259.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ibr.ent.gz | 206.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ibr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/1ibr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/1ibr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24456.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET3D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P62826 #2: タンパク質 | 分子量: 51473.633 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 1-462 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14974 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→28.7 Å / Num. obs: 69758 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 28.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.011 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Rsym value: 0.011 / % possible all: 93.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 354933 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.8 % / Mean I/σ(I) obs: 8.02 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→28.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.89 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 28.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 42.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.343 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.298 |