[日本語] English
- PDB-1ibr: COMPLEX OF RAN WITH IMPORTIN BETA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ibr
タイトルCOMPLEX OF RAN WITH IMPORTIN BETA
要素
  • GTP-binding nuclear protein RAN
  • Importin beta-1 subunit
キーワードcell cycle / translation / SMALL GTPASE / NUCLEAR TRANSPORT RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / astral microtubule organization / establishment of mitotic spindle localization / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / manchette ...RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / astral microtubule organization / establishment of mitotic spindle localization / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / snRNA import into nucleus / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / ribosomal protein import into nucleus / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / nuclear localization sequence binding / mitotic metaphase chromosome alignment / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / mitotic spindle assembly / sperm flagellum / viral process / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / protein export from nucleus / centriole / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / Hsp90 protein binding / recycling endosome / G protein activity / ISG15 antiviral mechanism / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / specific granule lumen / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / GDP binding / Interferon alpha/beta signaling / melanosome / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / nuclear membrane / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / Neutrophil degranulation / chromatin / GTP binding / nucleolus / enzyme binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Importin beta family / HEAT-like repeat / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 ...Importin beta family / HEAT-like repeat / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTP-binding nuclear protein Ran / Importin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vetter, I.R. / Arndt, A. / Kutay, U. / Goerlich, D. / Wittinghofer, A.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / : 1999
タイトル: Structural view of the Ran-Importin beta interaction at 2.3 A resolution
著者: Vetter, I.R. / Arndt, A. / Kutay, U. / Gorlich, D. / Wittinghofer, A.
#1: ジャーナル: Embo J. / : 1996
タイトル: Identification of Different Roles for Rangdp and Rangtp in Nuclear Protein Import
著者: Goerlich, D. / Pante, N. / Kutay, U. / Aebi, U. / Bischoff, F.R.
#2: ジャーナル: Curr.Biol. / : 1995
タイトル: Two Different Subunits of Importin Cooperate to Recognize Nuclear Envelope Localisation Signals and Bind Them to the Nuclear Pore Envelope
著者: Goerlich, D. / Kostka, S. / Kraft, R. / Dingwall, C. / Laskey, R.A. / Hartmann, E. / Prehn, S.
#3: ジャーナル: J.Cell Biol. / : 1995
タイトル: Sequence and Characterization of Cytoplasmic Nuclear Protein Import Factor P97
著者: Chi, N.C. / Adam, E.J. / Adam, S.A.
履歴
登録1999年5月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTP-binding nuclear protein RAN
B: Importin beta-1 subunit
C: GTP-binding nuclear protein RAN
D: Importin beta-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,9528
ポリマ-151,8594
非ポリマー1,0934
5,621312
1
A: GTP-binding nuclear protein RAN
B: Importin beta-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4764
ポリマ-75,9302
非ポリマー5472
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area27470 Å2
手法PISA
2
C: GTP-binding nuclear protein RAN
D: Importin beta-1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4764
ポリマ-75,9302
非ポリマー5472
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.700, 108.950, 114.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.66, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein RAN / RAN / TC4 / Ran GTPase / Androgen receptor-associated protein 24


分子量: 24456.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET3D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Importin beta-1 subunit / KARYOPHERIN BETA-1 subunit / P95 / Nuclear factor P97 / Importin 90


分子量: 51473.633 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 1-462 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14974
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19.5 %PEG400011
2110 mMcalcium acetate11
3100 mMMES11
40.5 %dioxane11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.7 Å / Num. obs: 69758 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.011 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Rsym value: 0.011 / % possible all: 93.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 354933
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.8 % / Mean I/σ(I) obs: 8.02

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS0.5精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→28.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 6821 10.1 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all-67812 --
obs-67812 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.89 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.28 Å20 Å23.99 Å2
2--4.56 Å20 Å2
3----0.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9739 0 66 312 10117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.482.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 1091 9.9 %
Rwork0.298 9874 -
obs--94 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3GNP.PAR
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 28.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.246
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.482.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.343 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.298

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る