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- PDB-1h9p: Crystal Structure of Dioclea guianensis Seed Lectin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h9p
タイトルCrystal Structure of Dioclea guianensis Seed Lectin
要素LECTIN ALPHA CHAIN
キーワードLECTIN / LEGUME LECTIN OLIGOMERISATION
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / toxin activity / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Lectin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種DIOCLEA GUIANENSIS (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Romero, A. / Wah, D.A. / Gallego Del sol, F. / Cavada, B.S. / Ramos, M.V. / Grangeiro, T.B. / Sampaio, A.H. / Calvete, J.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Native and Cd/Cd-Substituted Dioclea Guianensis Seed Lectin. A Novel Manganese-Binding Site and Structural Basis of Dimer-Tetramer Association
著者: Wah, D.A. / Romero, A. / Gallego, F. / Cavada, B.S. / Ramos, M.V. / Grangeiro, T.B. / Sampaio, A.H. / Calvete, J.J.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1999
タイトル: Molecular Characterization and Crystallization of Diocleinae Lectins
著者: Calvete, J.J. / Thole, H.H. / Raida, M. / Urbanke, C. / Romero, A. / Grangeiro, T.B. / Ramos, M.V. / Almeida, I.M. / Guimaraes, F.N. / Cavada, B.S.
履歴
登録2001年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9537
ポリマ－25,4511
非ポリマー5026
水2,306128
1
A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子

A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子

A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子

A: LECTIN ALPHA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,81328
ポリマ－101,8044
非ポリマー2,00824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area9080 Å2
ΔGint-154.6 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.314, 90.314, 108.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CD

21A-503-

MN

31A-2015-

HOH

41A-2040-

HOH

51A-2107-

HOH

61A-2108-

HOH

71A-2117-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LECTIN ALPHA CHAIN / LECTIN BETA CHAIN / LECTIN GAMMA-1 CHAIN / LECTIN GAMMA-2 CHAIN / SEED LECTIN


分子量: 25451.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DIOCLEA GUIANENSIS (マメ科) / Variant: LASIOPHYLLA / 組織: SEED / 参照: UniProt: P81637
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細D-MANNOSE/D-GLUCOSE-BINDING LECTIN. REQUIRES CA2+ AND MN2+ IONS FOR FULL ACTIVITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.96 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD USING 30% PEG 400, 0.1M MES, PH 6.4 AND 0.1M CDCL2.
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-12 mg/mlprotein1drop
250 mMMES1drop
310 mM1dropMnCl2
410 mM1dropCaCl2
530 %PEG4001reservoir
60.1 M1reservoirCdCl2
70.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8423
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 15334 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CVN

1cvn


解像度: 2→34.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2755151.35 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES 118-121 WERE LEFT OUT BECAUSE OF POOR DENSITY. SIDE CHAINS COULD NOT BE ADDED FOR RESIDUES 117, 122 AND 204 BECAUSE OF THE LACK OF DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1067 7 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 15323 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.9531 Å2 / ksol: 0.40898 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.76 Å20 Å20 Å2
2---5.76 Å20 Å2
3---11.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1758 0 6 128 1892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.882.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 165 6.9 %
Rwork0.313 2239 -
obs--95.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.299
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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