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- PDB-1h7d: Solution structure of the 49 aa presequence of 5-ALAS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h7d
タイトルSolution structure of the 49 aa presequence of 5-ALAS
要素AMINOLEVULINIC ACID SYNTHASE 2, ERYTHROID
キーワードACYLTRANSFERASE / ALAS / PRESEQUENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme biosynthesis / 5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / hemoglobin biosynthetic process / coenzyme A binding / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / erythrocyte development / erythrocyte differentiation / pyridoxal phosphate binding ...Heme biosynthesis / 5-aminolevulinate synthase / 5-aminolevulinate synthase activity / hemoglobin biosynthetic process / coenzyme A binding / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / erythrocyte development / erythrocyte differentiation / pyridoxal phosphate binding / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial inner membrane / response to hypoxia / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Aminolevulinic Acid Synthase 2 / Aminolevulinic Acid Synthase 2 / 5-aminolevulinate synthase presequence / 5-aminolevulinate synthase presequence / Tetrapyrrole biosynthesis, 5-aminolevulinic acid synthase / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II ...Aminolevulinic Acid Synthase 2 / Aminolevulinic Acid Synthase 2 / 5-aminolevulinate synthase presequence / 5-aminolevulinate synthase presequence / Tetrapyrrole biosynthesis, 5-aminolevulinic acid synthase / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
5-aminolevulinate synthase, erythroid-specific, mitochondrial / 5-aminolevulinate synthase, erythroid-specific, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Goodfellow, B.J. / Dias, J.S. / Ferreira, G.C. / Wray, V. / Henklein, P. / Macedo, A.L.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: The Solution Structure and Heme Binding of the Presequence of Murine 5-Aminolevulinate Synthase
著者: Goodfellow, B.J. / Dias, J.S. / Ferreira, G.C. / Henklein, P. / Wray, V. / Macedo, A.L.
履歴
登録2001年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMINOLEVULINIC ACID SYNTHASE 2, ERYTHROID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1021
ポリマ－5,1021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30LOW TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #21

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要素

#1: タンパク質・ペプチド AMINOLEVULINIC ACID SYNTHASE 2, ERYTHROID / AMINO LEVULINATE SYNTHASE / 5-AMINOLEVULINIC ACID SYNTHASE / DELTA-AMINOLEVULINATE SYNTHASE / DELTA- ...AMINO LEVULINATE SYNTHASE / 5-AMINOLEVULINIC ACID SYNTHASE / DELTA-AMINOLEVULINATE SYNTHASE / DELTA-ALA SYNTHETASE


分子量: 5102.136 Da / 分子数: 1 / 断片: PRESEQUENCE RESIDUES 1-49 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
参照: UniProt: Q64452, UniProt: P08680*PLUS, 5-aminolevulinate synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
NMR実験の詳細Text: 150MS NOESY, 70MS TOCSY

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試料調製

試料状態pH: 5 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DYANAGUNTERT,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOW TARGET FUNCTION / 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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