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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h4e | ||||||
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タイトル | Biochemical and Structural Analysis of the Molybdenum Cofactor Biosynthesis protein MobA | ||||||
要素 | MOLYBDOPTERIN-GUANINE DINUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS PROTEIN A | ||||||
キーワード | MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS / MOLYBDOPTERIN NUCLEOTIDYL-TRANSFERASE / GTP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 molybdenum cofactor guanylyltransferase / molybdenum cofactor guanylyltransferase activity / bis(molybdopterin guanine dinucleotide)molybdenum biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Guse, A. / Stevenson, C.E.M. / Kuper, J. / Buchanan, G. / Schwarz, G. / Mendel, R.R. / Lawson, D.M. / Palmer, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Biochemical and Structural Analysis of the Molybdenum Cofactor Biosynthesis Protein Moba 著者: Guse, A. / Stevenson, C.E.M. / Kuper, J. / Buchanan, G. / Schwarz, G. / Giordano, G. / Magalon, A. / Mendel, R.R. / Lawson, D.M. / Palmer, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h4e.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h4e.ent.gz | 39.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h4e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h4e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22584.830 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE FULL LENGTH CONSTRUCT WAS C-TERMINALLY EXTENDED WITH A 7-RESIDUE NICKEL AFFINITY TAG OF SEQUENCE SER-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS. 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: JM109 解説: MUTATION INTRODUCED BY 3-WAY PCR AND VERIFIED BY DNA SEQUENCING Variant: M15[PREP4] / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / Variant (発現宿主): M15[PREP4] / 参照: UniProt: P32173 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-LI / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | LINKS A GUANOSINE 5'-PHOSPHATE TO MOLYDOPTERIN (MPT) FORMING MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE ...LINKS A GUANOSINE 5'-PHOSPHATE TO MOLYDOPTER | 配列の詳細 | D101N MUTANT C-TERMINAL TAG: SER-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS-HIS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 12 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 20% (V/V) ISOPROPANO 2% (W/V) PEG 1500, IN 100 MM CITRIC ACID ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION. PROTEIN AT CONCENTRATION 12 MG/ML WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION CONSISTING OF 20% (V/V) ISOPROPANO 2% (W/V) PEG 1500, IN 100 MM CITRIC ACID BROUGHT TO PH 5.5 WITH NAOH. CRYSTALS GROW AT 4 DEG. C AND TAKE UP TO 8 WEEK TO REACH FULL SIZE. | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Stevenson, C.E., (2000) Structure, 8, 1115. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→40 Å / Num. obs: 21570 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1E5K 解像度: 1.65→54.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 1.764 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→54.23 Å
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拘束条件 |
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