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- PDB-1h0d: Crystal structure of Human Angiogenin in complex with Fab fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h0d
タイトルCrystal structure of Human Angiogenin in complex with Fab fragment of its monoclonal antibody mAb 26-2F
要素
  • (ANTIBODY FAB FRAGMENT, ...) x 2
  • ANGIOGENIN
キーワードIMMUNE SYSTEM/HYDROLASE / COMPLEX (ANTIBODY-HYDROLASE) / RIBONUCLEASE / ANTIBODY / IMMUNE SYSTEM-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


angiogenin-PRI complex / tRNA-specific ribonuclease activity / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation ...angiogenin-PRI complex / tRNA-specific ribonuclease activity / negative regulation of translation in response to stress / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / signaling / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / hematopoietic stem cell proliferation / homeostatic process / rRNA transcription / basement membrane / positive regulation of phosphorylation / RNA nuclease activity / endocytic vesicle / ovarian follicle development / actin filament polymerization / peptide binding / RNA endonuclease activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to hormone / placenta development / stress granule assembly / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cytoplasmic stress granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / cell migration / antibacterial humoral response / chromosome / actin cytoskeleton / growth cone / ribosome binding / actin binding / endonuclease activity / angiogenesis / response to hypoxia / rRNA binding / defense response to Gram-positive bacterium / receptor ligand activity / copper ion binding / signaling receptor binding / innate immune response / hydrolase activity / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / signal transduction / protein homodimerization activity / : / DNA binding / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll ...P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chavali, G.B. / Papageorgiou, A.C. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Human Angiogenin in Complex with an Antitumor Neutralizing Antibody
著者: Chavali, G.B. / Papageorgiou, A.C. / Olson, K. / Fett, J. / Hu, G. / Shapiro, R. / Acharya, K.R.
履歴
登録2002年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Derived calculations / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIBODY FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN
B: ANTIBODY FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN
C: ANGIOGENIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,71617
ポリマ－61,3953
非ポリマー1,32114
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7840 Å2
ΔGint-137.3 kcal/mol
Surface area25970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.580, 72.530, 86.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2019-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 ANGIOGENIN / RIBONUCLEASE 5 / RNASE 5


分子量: 14152.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03950

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN


分子量: 23584.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HINGE REGION OBSERVED IN THE FAB FRAGMENT / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN


分子量: 23658.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HINGE REGION OBSERVED IN THE FAB FRAGMENT / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 341分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THERE ARE CHANGES IN RESIDUES FOR CHAIN A AND B (LYS146ARG,GLU165GL AND IN CHAIN B ARG189TRP) WITH ...THERE ARE CHANGES IN RESIDUES FOR CHAIN A AND B (LYS146ARG,GLU165GL AND IN CHAIN B ARG189TRP) WITH RESPECT TO THE KABAT DATABASE SEQUENCES FOR FAB CONSTANT REGION.
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 128-133 OF CHAIN B WERE MODELLED AS GLYCINES. RESIDUES 198,199,210,211 OF CHAIN A WERE ...RESIDUES 128-133 OF CHAIN B WERE MODELLED AS GLYCINES. RESIDUES 198,199,210,211 OF CHAIN A WERE MODELLED AS ALANINES RESIDUES 134,213,214,215 OF CHAIN B WERE MODELLED AS ALANINES RESIDUES 1 OF CHAIN C WAS MODELLED AS ALANINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化pH: 6 / 詳細: 30% PEG 3350 AND 0.2M LITHIUM SULPHATE PH 6.0-7.5
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
130 %PEG80001reservoir
20.2 M1reservoirpH6.0-7.5Li2SO4
320 mg/mlprotein1droppH7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 46470 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.92 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 4.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1FVC,3HFL,1TET,1B1I

1fvc

3hfl
PDB 未公開エントリ

1tet

1b1i


解像度: 2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1924 4.1 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 46469 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.65 Å20 Å2-4.23 Å2
2--24.85 Å20 Å2
3----12.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4290 0 76 327 4693
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 362 4.7 %
Rwork0.394 7286 -
obs--98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GLYCEROL.PARAMGLYCEROL.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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