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万見
- PDB-1bwm: A SINGLE-CHAIN T CELL RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bwm
タイトルA SINGLE-CHAIN T CELL RECEPTOR
要素PROTEIN (ALPHA-BETA T CELL RECEPTOR (TCR) (D10))
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / IMMUNORECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / adaptive immune response
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Hare, B.J. / Wyss, D.F. / Reinherz, E.L. / Wagner, G.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure, specificity and CDR mobility of a class II restricted single-chain T-cell receptor.
著者: Hare, B.J. / Wyss, D.F. / Osburne, M.S. / Kern, P.S. / Reinherz, E.L. / Wagner, G.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Application of Automated NOE Assignment to Three-dimensional Structure Refinement of a 28 kD Single-chain T Cell Receptor
著者: Hare, B.J. / Wagner, G.
履歴
登録1998年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ALPHA-BETA T CELL RECEPTOR (TCR) (D10))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9711
ポリマ－26,9711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 80NO NOE DISTANCE VIOLATION GREATER THAN 0.5 A, NO DIHEDRAL VIOLATION GREATER THAN 5 DEGREES
代表モデルモデル #7

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ALPHA-BETA T CELL RECEPTOR (TCR) (D10))


分子量: 26970.664 Da / 分子数: 1 / 断片: VARIABLE DOMAINS FROM ALPHA AND BETA CHAINS / 変異: C415S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 27-RESIDUE HYDROPHILIC LINKER CONNECTS C TERMINUS OF BETA DOMAIN WITH N TERMINUS OF ALPHA DOMAIN
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: SYNTHETIC GENE CONNECTS ALPHA AND BETA DOMAINS / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC INCLUSION BODIES
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: GenBank: U83243, GenBank: U83242, UniProt: Q5R1G1*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY (1H
12115N
13113C)
141HNCA
151HN(CO)CA
161HA(CA)(CO)NH
171TOCSY-HSQC (15N)
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON UNIFORM 13C, 15N, AND FRACTIONALLY 2H-LABELED SINGLE-CHAIN TCR

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試料調製

試料状態イオン強度: 20 mM SODIUM ACETATE / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE DISTANCE VIOLATION GREATER THAN 0.5 A, NO DIHEDRAL VIOLATION GREATER THAN 5 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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