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- PDB-1bsr: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bsr
タイトルBOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE(PHOSPHORIC DIESTER / RNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Seminal ribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 A resolution.
著者: Mazzarella, L. / Capasso, S. / Demasi, D. / Di Lorenzo, G. / Mattia, C.A. / Zagari, A.
#1: ジャーナル: Gazz.Chim.Ital. / 年: 1987
タイトル: Composite Active Sites in Bovine Seminal Ribonuclease
著者: Mazzarella, L. / Mattia, C.A. / Capasso, S. / Di Lorenzo, G.
#2: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1983
タイトル: Refinement of the Structure of Bovine Seminal Ribonuclease
著者: Capasso, S. / Giordano, F. / Mattia, C.A. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
#3: ジャーナル: Gazz.Chim.Ital. / 年: 1979
タイトル: Low-Resolution Structure of Bovine Seminal Ribonuclease: A Covalent Dimeric Protein
著者: Capasso, S. / Giordano, F. / Mattia, C.A. / Mazzarella, L. / Zagari, A.
履歴
登録1993年4月28日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET THE TWO BETA SHEETS OF EACH CHAIN OF THIS STRUCTURE ARE VERY CLOSE TO THOSE OF RNASE A (5RSA, ...SHEET THE TWO BETA SHEETS OF EACH CHAIN OF THIS STRUCTURE ARE VERY CLOSE TO THOSE OF RNASE A (5RSA, REMARK 5), AND A SIMILAR NOTATION HAS BEEN USED, MODIFIED ONLY TO TAKE INTO ACCOUNT THE PRESENCE OF TWO CHAINS. THEREFORE, DUE TO A BULGE OF RESIDUES 88 - 89, THE FIRST SHEET OF CHAIN A (B), COMPOSED OF 3 STRANDS, CONSISTS OF TWO PARTS DENOTED *S1A* AND *S2A* (*S1B* AND *S2B*), HAVING STRAND 1 AND 3 IDENTICAL. FOR CHAIN A (B), ALSO THE SECOND SHEET, FORMED BY 4 STRANDS, IS COMPOSED BY TWO PARTS DENOTED *S3A* AND *S4A* (*S3B* AND *S4B*), HAVING STRANDS 1, 2 AND 3 IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE
B: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9389
ポリマ－27,2652
非ポリマー6727
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area13200 Å2
手法PISA
2
A: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE
B: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE
ヘテロ分子

A: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE
B: BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,87518
ポリマ－54,5314
非ポリマー1,34514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_566x,-y+1,-z+11
Buried area12120 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.500, 66.700, 107.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 93 / 2: CIS PROLINE - PRO A 114 / 3: CIS PROLINE - PRO B 93 / 4: CIS PROLINE - PRO B 114
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-185-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE


分子量: 13632.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00669
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FEATURES OF THE STRUCTURE: RESIDUES 1 - 15 OF ONE CHAIN FOLD AGAINST RESIDUES 23 - 124 OF THE OTHER ...FEATURES OF THE STRUCTURE: RESIDUES 1 - 15 OF ONE CHAIN FOLD AGAINST RESIDUES 23 - 124 OF THE OTHER CHAIN. THEREFORE, IN THE DIMER, THE TWO CHAINS PRESENT THEIR N-TERMINI INTERCHANGED SO THAT EACH ACTIVE SITE IS FORMED BY RESIDUES BELONGING TO DIFFERENT CHAINS. AS A RESULT, RESIDUES A1 - A15 (B1 - B15) AND RESIDUES B23 - B124 (A23 - A124) FORM A STRUCTURE VERY CLOSE TO THE PANCREATIC MOLECULE (5RSA). ON THE OTHER HAND, THE CONFORMATION OF HINGE PEPTIDE 16 - 22 IS DIFFERENT.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細A TOTAL OF 113 WATER MOLECULES, AS WELL AS 7 SULFATE ANIONS, WERE INCLUDED AND REFINED AS PART OF ...A TOTAL OF 113 WATER MOLECULES, AS WELL AS 7 SULFATE ANIONS, WERE INCLUDED AND REFINED AS PART OF THE STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.1 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115-20 mg/mlenzyme solution11
280 %satammonium sulphate11
30.1 mMammonium phosphate11
410 mMacetate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 17217 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 59869 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.177 / Rfactor obs: 0.177 / 最高解像度: 1.9 Å
詳細: A SECOND POSITION HAS BEEN LOCATED AND REFINED FOR THE SIDE CHAINS OF HIS A 119 AND ARG B 71. IN BOTH CHAINS, GLN 60 HAS A CONFORMATION WHICH FALLS OUTSIDE THE ALLOWED REGIONS OF THE ...詳細: A SECOND POSITION HAS BEEN LOCATED AND REFINED FOR THE SIDE CHAINS OF HIS A 119 AND ARG B 71. IN BOTH CHAINS, GLN 60 HAS A CONFORMATION WHICH FALLS OUTSIDE THE ALLOWED REGIONS OF THE RAMACHANDRAN MAP, AS OBSERVED IN RNASE A.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 35 113 2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 16492 / σ(I): 3 / Rfactor obs: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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