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- PDB-1bos: SHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bos
タイトルSHIGA-LIKE TOXIN COMPLEXED WITH ITS RECEPTOR
要素SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
キーワードTOXIN / RECEPTOR BINDING / PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION / OB-FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated modulation of host virulence / symbiont-mediated hemolysis of host erythrocyte / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, beta subunit / Shiga-like toxin beta subunit / Enterotoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / Shiga-like toxin 1 subunit B / Shiga-like toxin 1 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Phage h30 (ファージ)
Enterobacteria phage H-19B (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ling, H. / Boodhoo, A. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure of the shiga-like toxin I B-pentamer complexed with an analogue of its receptor Gb3.
著者: Ling, H. / Boodhoo, A. / Hazes, B. / Cummings, M.D. / Armstrong, G.D. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure of the Cell-Binding B Oligomer of Verotoxin-1 from E. Coli
著者: Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Tyrrell, G.J. / Brunton, J.L. / Read, R.J.
履歴
登録1998年1月13日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / Other
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
B: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
C: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
D: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
E: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
F: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
G: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
H: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
I: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
J: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
K: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
L: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
M: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
N: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
O: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
P: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
Q: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
R: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
S: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
T: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,07880
ポリマ－153,97320
非ポリマー24,10560
水6,215345
1
A: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
B: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
C: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
D: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
E: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,60020
ポリマ－38,4935
非ポリマー6,10715
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
G: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
H: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
I: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
J: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,60020
ポリマ－38,4935
非ポリマー6,10715
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
L: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
M: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
N: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
O: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,27620
ポリマ－38,4935
非ポリマー5,78315
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
Q: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
R: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
S: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
T: SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,60020
ポリマ－38,4935
非ポリマー6,10715
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.500, 97.700, 164.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.321935, -0.730389, 0.602402), (0.75771, 0.580263, 0.298612), (-0.567655, 0.360313, 0.740231)57.909, -14.77, 9.159
2given(-0.799927, -0.441849, 0.406061), (0.502144, -0.122339, 0.856087), (-0.328584, 0.888708, 0.319734)93.24, 24.515, -22.197
3given(-0.804694, 0.494153, -0.329059), (-0.432479, -0.10819, 0.895129), (0.40673, 0.862617, 0.300771)55.187, 62.678, -51.787
4given(0.292481, 0.770761, -0.566024), (-0.732478, 0.561092, 0.385552), (0.61476, 0.301833, 0.728674)-2.095, 48.428, -37.666
5given(-0.994729, -0.081379, 0.062385), (-0.078416, 0.995737, 0.048567), (-0.066072, 0.043419, -0.99687)87.455, -46.091, 1.888
6given(-0.390227, 0.703271, -0.594249), (0.715786, 0.637679, 0.284632), (0.579114, -0.314284, -0.752231)30.419, -64.624, -10.043
7given(0.735073, 0.492312, -0.466151), (0.559572, -0.052323, 0.827128), (0.382815, -0.868845, -0.313945)-8.372, -30.23, 20.44
8given(0.86244, -0.429723, 0.267461), (-0.349417, -0.123156, 0.928838), (-0.366203, -0.894523, -0.256367)23.913, 10.388, 52.734
9given(-0.207725, -0.785847, 0.58249), (-0.735576, 0.518023, 0.436555), (-0.644808, -0.337783, -0.685656)83.135, 0.68, 41.747
10given(-0.643227, 0.703159, 0.303026), (0.764114, 0.564244, 0.312664), (0.048872, 0.432661, -0.900231)-3.088, -43.785, -60.396
11given(0.155286, 0.986423, 0.053433), (0.491097, -0.124016, 0.862232), (0.857152, -0.107652, -0.503687)-47.876, -4.352, -72.456
12given(0.772733, 0.465118, 0.431912), (-0.434285, -0.108831, 0.894177), (0.462904, -0.878533, 0.117896)-52.43, 33.515, -24.677
13given(0.342018, -0.127582, 0.930992), (-0.732628, 0.584219, 0.349205), (-0.588456, -0.801505, 0.106343)-10.58, 17.769, 16.119
14given(-0.513719, -0.001974, 0.857956), (0.009409, 0.999924, 0.007934), (-0.857907, 0.012148, -0.513661)20.41, -30.08, -5.622
15given(-0.679135, -0.702635, -0.212317), (-0.723227, 0.591146, 0.357056), (-0.125369, 0.396043, -0.909633)56.914, 15.658, 30.993
16given(-0.627596, 0.020274, -0.778275), (0.021004, 0.999738, 0.009105), (0.778256, -0.010633, -0.627857)25.41, -32.057, 9.726
17given(0.266968, 0.187985, -0.945193), (0.757364, 0.565565, 0.326399), (0.595926, -0.802993, 0.008614)-18.853, -45.309, 49.51
18given(0.755805, -0.444299, -0.480996), (0.476728, -0.13019, 0.869356), (-0.448876, -0.886368, 0.113411)-13.428, -5.163, 96.373
19given(0.17931, -0.983485, -0.024585), (-0.45002, -0.10422, 0.886916), (-0.874831, -0.147969, -0.461276)32.661, 32.517, 84.715

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要素

#1: タンパク質
SHIGA-LIKE TOXIN I B SUBUNIT


分子量: 7698.634 Da / 分子数: 20 / 断片: RECEPTOR-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COMPLEXED WITH PK-MCO, AN ANALOGUE OF GB3 (GLOBOTRIAOSYL CERAMIDE)
由来: (組換発現) Phage h30, Enterobacteria phage H-19B
属: , Lambda-like viruses / 生物種: , / 株: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08027, UniProt: P69179*PLUS
#2: 多糖...
alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpa1-4DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
解説: ALTHOUGH THE HIGH RESOLUTION DATA HAVE VERY POOR STATISTICS, A STATISTICAL ANALYSIS PRESENTED IN THE STRUCTURE REPORT INDICATED USEFUL INFORMATION TO 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年7月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→21 Å / Num. obs: 41759 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 3.37
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 1.75 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 0.581 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 57.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 113473
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
XENGENデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BOV

1bov
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→21 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CROSS-VALIDATION DATA ARE LIKELY TO BE SOMEWHAT OVER-FIT BECAUSE OF THE HIGH DEGREE OF NCS. CARBOHYDRATE PARAMETER AND TOPOLOGY FILES PARAM3.CHO AND TOPH3_MOD.CHO WERE OBTAINED FROM BILL WEIS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2078 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 41579 81.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10800 0 1622 345 12767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.470.25
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.77
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.470.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.72
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 1

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINTS4.910.06200
227.390.1510
334.810.255
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 123 5.3 %
Rwork0.288 2337 -
obs--49 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM3.CHOTOPH3_MOD.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.01
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.288

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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