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万見
- PDB-1b0l: RECOMBINANT HUMAN DIFERRIC LACTOFERRIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b0l
タイトルRECOMBINANT HUMAN DIFERRIC LACTOFERRIN
要素PROTEIN (LACTOFERRIN)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / TRANSFERRIN / BINDING PROTEIN / METALLOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane destabilizing activity / host-mediated suppression of viral proces / Mtb iron assimilation by chelation / phagocytic vesicle lumen / Metal sequestration by antimicrobial proteins / negative regulation of viral process / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation ...membrane destabilizing activity / host-mediated suppression of viral proces / Mtb iron assimilation by chelation / phagocytic vesicle lumen / Metal sequestration by antimicrobial proteins / negative regulation of viral process / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of ATP-dependent activity / negative regulation of osteoclast development / specific granule / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chondrocyte proliferation / antifungal humoral response / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / Antimicrobial peptides / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / humoral immune response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of osteoblast differentiation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of cytokine production / secretory granule / ossification / : / protein serine/threonine kinase activator activity / innate immune response in mucosa / iron ion transport / lipopolysaccharide binding / recycling endosome / specific granule lumen / tertiary granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / early endosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / iron ion binding / Amyloid fiber formation / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein-containing complex / proteolysis / : / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lactotransferrin / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin ...Lactotransferrin / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / : / Lactotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Baker, E.N. / Jameson, G.B. / Sun, X.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structure of recombinant human lactoferrin expressed in Aspergillus awamori.
著者: Sun, X.L. / Baker, H.M. / Shewry, S.C. / Jameson, G.B. / Baker, E.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Structure of Human Diferric Lactoferrin Refined at 2.2 A Resolution
著者: Haridas, M. / Anderson, B.F. / Baker, E.N.
履歴
登録1998年11月11日処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR-DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (LACTOFERRIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5255
ポリマ－76,2931
非ポリマー2324
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.250, 97.530, 55.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (LACTOFERRIN)


分子量: 76293.289 Da / 分子数: 1 / 変異: A10T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Aspergillus awamori (カビ) / 参照: UniProt: P02788
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TWO-FOLD INTERNAL SEQUENCE HOMOLOGY (~ 40% IDENTITY). ONE BINDING SITE IN EACH LOBE.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化pH: 8
詳細: DIALYSIS AGAINST 10MM SODIUM PHOSPHATE PH 8.0, CONTAINING 10% ETHANOL
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
180 mg/mlprotein11
210 mMHEPES11
30.5 M11NaCl
410 mMsodium phosphate12
510 %(v/v)ethanol12

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 36329 / % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 67.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
ROTAVATAデータ削減
SHELXL-97精密化
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1LFG

1lfg


解像度: 2.2→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 3573 10 %EVERY 10TH
obs0.181 -82.5 %-
all-32231 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5337 0 10 294 5641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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