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- PDB-1avs: X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF CALCIUM-SATURATED N-TERMINAL DOMA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avs
タイトルX-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF CALCIUM-SATURATED N-TERMINAL DOMAIN OF TROPONIN C
要素TROPONIN C
キーワードMUSCLE CONTRACTION / CALCIUM-ACTIVATED / TROPONIN / E-F HAND CALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Striated Muscle Contraction / troponin complex / skeletal muscle contraction / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin C, skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多重同系置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Strynadka, N.C.J. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structural details of a calcium-induced molecular switch: X-ray crystallographic analysis of the calcium-saturated N-terminal domain of troponin C at 1.75 A resolution.
著者: Strynadka, N.C. / Cherney, M. / Sielecki, A.R. / Li, M.X. / Smillie, L.B. / James, M.N.
履歴
登録1997年9月19日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROPONIN C
B: TROPONIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1286
ポリマ－19,9682
非ポリマー1604
水1,67593
1
A: TROPONIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0643
ポリマ－9,9841
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TROPONIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0643
ポリマ－9,9841
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.120, 81.580, 39.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.694896, -0.010889, 0.719028), (-0.018211, -0.999831, 0.002459), (0.71888, -0.014803, -0.694977)
ベクター: -18.851, 23.342, 43.775)

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要素

#1: タンパク質 TROPONIN C


分子量: 9984.085 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 90 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: BREAST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02588
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 72 % AMMONIUM SULFATE 100 MM TRIS 2 % MPD, 5 MM CALCIUM CHLORIDE PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
272 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoir
45 mM1reservoirCaCl2
52 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.009
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: NO MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 18010 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.75→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 82
反射
*PLUS
Num. measured all: 85689
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
MLPHARE位相決定
TNT5D精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 4TNC

4tnc


解像度: 1.75→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 1801 10 %
Rwork0.214 --
all0.22 18010 -
obs0.22 18010 92 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 300 Å2 / ksol: 0.75 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1263 0 4 93 1360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01613400.9
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.917891.1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.468400
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct1
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.015541.2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0151873
X-RAY DIFFRACTIONt_it2.613400.3
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0384812
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.214 / Rfactor Rfree: 0.251
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg18.460
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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