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- PDB-1avf: ACTIVATION INTERMEDIATE 2 OF HUMAN GASTRICSIN FROM HUMAN STOMACH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avf
タイトルACTIVATION INTERMEDIATE 2 OF HUMAN GASTRICSIN FROM HUMAN STOMACH
要素(GASTRICSIN) x 2
キーワードASPARTYL PROTEASE / GASTRICSIN / ASPARTIC PROTEINASE / INTERMEDIATE / ACTIVATION / ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


gastricsin / positive regulation of antibacterial peptide production / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. ...Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Khan, A.R. / Cherney, M.M. / Tarasova, N.I. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structural characterization of activation 'intermediate 2' on the pathway to human gastricsin.
著者: Khan, A.R. / Cherney, M.M. / Tarasova, N.I. / James, M.N.
履歴
登録1997年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: GASTRICSIN
A: GASTRICSIN
Q: GASTRICSIN
J: GASTRICSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9205
ポリマ－76,8974
非ポリマー231
水8,413467
1
P: GASTRICSIN
A: GASTRICSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4723
ポリマ－38,4492
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14430 Å2
手法PISA
2
Q: GASTRICSIN
J: GASTRICSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4492
ポリマ－38,4492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.260, 50.410, 125.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.19942, 0.01342, -0.97982), (0.0186, -0.99978, -0.00991), (-0.97974, -0.01625, -0.19963)
ベクター: 13.14116, -14.41568, 20.86819)

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド GASTRICSIN / PEPSINOGEN C


分子量: 2983.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASPARTIC PROTEINASE ACTIVATION INTERMEDIATE / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: STOMACH / 組織: GASTRIC MUCOSA / 参照: UniProt: P20142, gastricsin
#2: タンパク質 GASTRICSIN / PEPSINOGEN C


分子量: 35464.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ASPARTIC PROTEINASE ACTIVATION INTERMEDIATE / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: STOMACH / 組織: GASTRIC MUCOSA / 参照: UniProt: P20142, gastricsin
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 7.8
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 4M NA FORMATE, 100 MM BIS-TRIS-PROPANE, PH 7.8.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 Msodium formate1reservoir
2100 mMBis-Tris propane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / タイプ: EMBL/DESY, HAMBURG / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: GOBEL MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→100 Å / Num. obs: 34523 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 80.8
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 80.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HTR

1htr


解像度: 2.36→20 Å / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 3407 10 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 34523 95.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.54 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5207 0 1 312 5520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSWeight Biso : 1 / Weight position: 10
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.39 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 90 10 %
Rwork0.324 813 -
obs--80 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 34523 / Num. reflection obs: 34124
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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