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- PDB-1asp: X-RAY STRUCTURES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS OF THREE FUNCTIONAL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1asp
タイトルX-RAY STRUCTURES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS OF THREE FUNCTIONAL DERIVATIVES OF ASCORBATE OXIDASE FROM ZUCCHINI: REDUCED-, PEROXIDE-, AND AZIDE-FORMS
要素ASCORBATE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbate oxidase / L-ascorbate oxidase activity / negative regulation of defense response to virus / plasmodesma / response to hydrogen peroxide / response to virus / copper ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
L-ascorbate oxidase, plants / Ascorbate oxidase, second cupredoxin domain / Ascorbate oxidase, first cupredoxin domain / Ascorbate oxidase, third cupredoxin domain / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase ...L-ascorbate oxidase, plants / Ascorbate oxidase, second cupredoxin domain / Ascorbate oxidase, first cupredoxin domain / Ascorbate oxidase, third cupredoxin domain / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HYDROXIDE ION / HYDROGEN PEROXIDE / L-ascorbate oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Cucurbita pepo var. melopepo (植物)
手法X線回折 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Messerschmidt, A. / Luecke, H. / Huber, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: X-ray structures and mechanistic implications of three functional derivatives of ascorbate oxidase from zucchini. Reduced, peroxide and azide forms.
著者: Messerschmidt, A. / Luecke, H. / Huber, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined Crystal Structure of Ascorbate Oxidase at 1.9 Angstroms Resolution
著者: Messerschmidt, A. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Bolognesi, M. / Avigliano, L. / Petruzzelli, R. / Rossi, A. / Finazzi-Agro, A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: X-Ray Crystal Structure of the Blue Oxidase Ascorbate Oxidase from Zucchini. Analysis of the Polypeptide Fold and Model of the Copper Sites and Ligands
著者: Messerschmidt, A. / Rossi, A. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Bolognesi, M. / Gatti, G. / Marchesini, A. / Petruzzelli, R. / Finazzi-Agro, A.
履歴
登録1992年11月25日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASCORBATE OXIDASE
B: ASCORBATE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,65317
ポリマ－123,5372
非ポリマー1,11615
水17,421967
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area43550 Å2
手法PISA
2
A: ASCORBATE OXIDASE
B: ASCORBATE OXIDASE
ヘテロ分子

A: ASCORBATE OXIDASE
B: ASCORBATE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,30734
ポリマ－247,0744
非ポリマー2,23330
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area14310 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area79580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.330, 105.320, 112.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 32 / 2: CIS PROLINE - PRO A 160 / 3: CIS PROLINE - PRO A 300
4: ASN A 551 - PRO A 552 OMEGA = 84.13 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
5: CIS PROLINE - PRO B 32 / 6: CIS PROLINE - PRO B 160 / 7: CIS PROLINE - PRO B 300
8: ASN B 551 - PRO B 552 OMEGA = 80.26 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-775-

HOH

21B-793-

HOH

31B-879-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 ASCORBATE OXIDASE


分子量: 61768.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cucurbita pepo var. melopepo (植物)
生物種: Cucurbita pepo / 株: var. melopepo / 参照: UniProt: P37064, L-ascorbate oxidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 980分子

#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 967 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium phosphate1drop
350 mMsodium phosphate1reservoir
420 %(v/v)MPD1reservoir
54 %(v/v)ethanol1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.59 Å / Num. obs: 37235 / Num. measured all: 155410 / Rmerge(I) obs: 0.172
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.59 Å / 最低解像度: 2.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.632

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.16 / Rfactor obs: 0.16 / 最高解像度: 2.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8732 0 43 967 9742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.99
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.59 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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