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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ame | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN AT 4 C | ||||||
![]() | TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12 | ||||||
![]() | ANTIFREEZE PROTEIN / CRYO-CRYSTALLOGRAPHY / COLD-ADAPTATION / CRYSTALLIZATION / FREEZING POINT | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Jia, Z. / Leinala, E. / Ye, Q. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of type III antifreeze protein at 277 K. 著者: Ye, Q. / Leinala, E. / Jia, Z. #1: ![]() タイトル: Structural Basis for the Binding of a Globular Antifreeze Protein to Ice 著者: Jia, Z. / Deluca, C.I. / Chao, H. / Davies, P.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 23.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1msiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7050.310 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(0), P64A, P65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 % / 解説: DATA COLLECTED AT 4 DEGREES C | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 4.5 詳細: 53% AMMONIUM SULFATE 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5 CRYSTALLIZED AT 4 DEGREES C, temperature 277K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 6600 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.07 % / Biso Wilson estimate: 17.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.13 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.03 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.29 / % possible all: 85.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 27105 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS (ROOM TEMPERATURE STARTING MODEL) 開始モデル: PDB ENTRY 1MSI 解像度: 1.65→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0147 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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