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万見
- PDB-1aiw: NMR STRUCTURES OF THE CELLULOSE-BINDING DOMAIN OF THE ENDOGLUCANA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aiw
タイトルNMR STRUCTURES OF THE CELLULOSE-BINDING DOMAIN OF THE ENDOGLUCANASE Z FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI, 23 STRUCTURES
要素ENDOGLUCANASE Z
キーワードCELLULOSE DEGRADATION / ENDOGLUCANASE / CELLULOSE-BINDING DOMAIN / ERWINIA CHRYSANTHEMI
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Endoglucanase Z, cellulose-binding domain / Cellulose-binding domain / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 ...Endoglucanase Z, cellulose-binding domain / Cellulose-binding domain / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Ribbon / Glycoside hydrolase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Brun, E. / Moriaud, F. / Gans, P. / Blackledge, M.J. / Barras, F. / Marion, D.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Solution structure of the cellulose-binding domain of the endoglucanase Z secreted by Erwinia chrysanthemi.
著者: Brun, E. / Moriaud, F. / Gans, P. / Blackledge, M.J. / Barras, F. / Marion, D.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Overproduction, Purification and Characterization of the Cellulose-Binding Domain of the Erwinia Chrysanthemi Secreted Endoglucanase Egz
著者: Brun, E. / Gans, P. / Marion, D. / Barras, F.
#2: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1994
タイトル: Periplasmic Disulphide Bond Formation is Essential for Cellulase Secretion by the Plant Pathogen Erwinia Chrysanthemi
著者: Bortoli-German, I. / Brun, E. / Py, B. / Chippaux, M. / Barras, F.
#3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1991
タイトル: Cellulase Egz of Erwinia Chrysanthemi: Structural Organization and Importance of His98 and Glu133 Residues for Catalysis
著者: Py, B. / Bortoli-German, I. / Haiech, J. / Chippaux, M. / Barras, F.
履歴
登録1997年4月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6601
ポリマ－6,6601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)23 / 30LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE Z / CBDEGZ


分子量: 6660.123 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL CELLULOSE-BINDING DOMAIN / 変異: T1M, A2G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
属: Dickeya / 株: 3937 / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: SECRETED / 遺伝子: CELZ / プラスミド: PET22 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): EXTRACELLULAR / 遺伝子 (発現宿主): PMIA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P07103, cellulase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121TOCSY
131NOESY

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試料調製

試料状態pH: 4.6 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DiscoverBIOSYM精密化
BIOSYM DISCOVERDISCOVER構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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