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万見
- PDB-1ail: N-TERMINAL FRAGMENT OF NS1 PROTEIN FROM INFLUENZA A VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ail
タイトルN-TERMINAL FRAGMENT OF NS1 PROTEIN FROM INFLUENZA A VIRUS
要素NONSTRUCTURAL PROTEIN NS1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / NONSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytokine production / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / double-stranded RNA binding / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response ...symbiont-mediated suppression of host cytokine production / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / double-stranded RNA binding / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding / Helix Hairpins / S15/NS1, RNA-binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, J. / Lynch, P.A. / Chien, C. / Montelione, G.T. / Krug, R.M. / Berman, H.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the unique RNA-binding domain of the influenza virus NS1 protein.
著者: Liu, J. / Lynch, P.A. / Chien, C.Y. / Montelione, G.T. / Krug, R.M. / Berman, H.M.
履歴
登録1997年4月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3381
ポリマ－8,3381
非ポリマー00
水61334
1
A: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS1

A: NONSTRUCTURAL PROTEIN NS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6772
ポリマ－16,6772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2040 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.651, 38.651, 82.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 NONSTRUCTURAL PROTEIN NS1


分子量: 8338.430 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A/Udorn/307/1972(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: A/Udorn/307/72 H3N2 / 参照: UniProt: P03495
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化pH: 6.5
詳細: NATIVE CRYSTALS WERE GROWN FROM 50MM NAH2PO4, 100MM NACL, 1MM NAN3 AT PH 6.5; MERCURY DERIVATIVE CRYSTAL WAS PREPARED BY SOAKING THE NATIVE CRYSTAL IN 2MM CH3HGCL WITH 10% PEG 6000 AT PH 8.0; ...詳細: NATIVE CRYSTALS WERE GROWN FROM 50MM NAH2PO4, 100MM NACL, 1MM NAN3 AT PH 6.5; MERCURY DERIVATIVE CRYSTAL WAS PREPARED BY SOAKING THE NATIVE CRYSTAL IN 2MM CH3HGCL WITH 10% PEG 6000 AT PH 8.0; PLATINUM DERIVATIVE CRYSTAL WAS PREPARED BY SOAKING THE NATIVE CRYSTAL IN 4MM PT(NH3)2CL2 WITH 10% PEG 6000 AT PH 6.5.
PH範囲: 6.5 for native,8.0 for Mg derivative,6.5 for Pt derative
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMsodium phosphate1drop
2100 mM1dropNaCl
31 mM1dropNaN3
420.8 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 5318 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.217 / % possible all: 90.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.065

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 494 10 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs-5104 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数558 0 0 34 592
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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