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- PDB-1ahj: NITRILE HYDRATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ahj
タイトルNITRILE HYDRATASE
要素
  • NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
  • NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
キーワードLYASE / NITRILE HYDRATASE / IRON CENTER / NON-HEME IRON
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrile hydratase / indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal ...Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nitrile hydratase subunit alpha / Nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. R312 (バクテリア)
手法X線回折 / MIRAS AVERAGING / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Huang, W. / Schneider, G. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of nitrile hydratase reveals a novel iron centre in a novel fold.
著者: Huang, W. / Jia, J. / Cummings, J. / Nelson, M. / Schneider, G. / Lindqvist, Y.
履歴
登録1997年4月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
B: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
C: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
D: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
E: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
F: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
G: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
H: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,24912
ポリマ－186,0258
非ポリマー2234
水00
1
A: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
B: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5623
ポリマ－46,5062
非ポリマー561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
2
E: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
F: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5623
ポリマ－46,5062
非ポリマー561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
3
C: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
D: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5623
ポリマ－46,5062
非ポリマー561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7490 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
4
G: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
H: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5623
ポリマ－46,5062
非ポリマー561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
5
A: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
B: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子

E: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
F: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1246
ポリマ－93,0134
非ポリマー1122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x+1/2,-y+1,z+1/21
Buried area18660 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
6
C: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
D: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子

G: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)
H: NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1246
ポリマ－93,0134
非ポリマー1122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area18600 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area30460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.854, 144.239, 159.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.997023, 0.062616, -0.044983), (0.052612, 0.126072, -0.990625), (-0.056358, -0.990043, -0.128991)65.27081, 100.62289, 118.43628
2given(-0.993863, 0.058979, -0.093579), (-0.059558, 0.427564, 0.902021), (0.093211, 0.902059, -0.421427)42.26377, 23.38027, -36.27829
3given(0.99262, 0.022209, 0.119216), (-0.01441, -0.954517, 0.297809), (0.120408, -0.297329, -0.947152)20.35925, 145.01817, 86.93984

-
要素

#1: タンパク質
NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT ALPHA)


分子量: 22991.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus sp. R312 (バクテリア) / 参照: UniProt: P13448, nitrile hydratase
#2: タンパク質
NITRILE HYDRATASE (SUBUNIT BETA)


分子量: 23515.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus sp. R312 (バクテリア) / 参照: UniProt: P13449, nitrile hydratase
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlenzyme1drop
220 mMHEPES1drop
340 mMbutyrate1drop
427 %PEG80001reservoir
50.3 M1reservoirMgCl2
60.1 MTris1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月9日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 56428 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 75.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 347098 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SQUASH位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: MIRAS AVERAGING / 解像度: 2.65→7.5 Å / Isotropic thermal model: GROUPED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1783 3.5 %RANDOM
Rwork0.264 ---
obs0.264 50428 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12828 0 4 0 12832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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