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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9743 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the S. typhimurium oxaloacetate decarboxylase beta-gamma sub-complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein / sodium pump / decarboxylase sodium pump / biotin-dependent decarboxylase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding) / decarboxylation-driven active transmembrane transporter activity / sodium ion transmembrane transporter activity / oxaloacetate decarboxylase activity / sodium ion export across plasma membrane / sodium ion transport / lyase activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu X / Shi H | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural insights into sodium transport by the oxaloacetate decarboxylase sodium pump. 著者: Xin Xu / Huigang Shi / Xiaowen Gong / Pu Chen / Ying Gao / Xinzheng Zhang / Song Xiang / 要旨: The oxaloacetate decarboxylase sodium pump (OAD) is a unique primary-active transporter that utilizes the free energy derived from oxaloacetate decarboxylation for sodium transport across the cell ...The oxaloacetate decarboxylase sodium pump (OAD) is a unique primary-active transporter that utilizes the free energy derived from oxaloacetate decarboxylation for sodium transport across the cell membrane. It is composed of 3 subunits: the α subunit catalyzes carboxyl-transfer from oxaloacetate to biotin, the membrane integrated β subunit catalyzes the subsequent carboxyl-biotin decarboxylation and the coupled sodium transport, the γ subunit interacts with the α and β subunits and stabilizes the OAD complex. We present here structure of the OAD βγ sub-complex. The structure revealed that the β and γ subunits form a βγ hetero-hexamer with extensive interactions between the subunits and shed light on the OAD holo-enzyme assembly. Structure-guided functional studies provided insights into the sodium binding sites in the β subunit and the coupling between carboxyl-biotin decarboxylation and sodium transport by the OAD β subunit. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9743.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9743-v30.xml emd-9743.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9743.png | 63.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9743.cif.gz | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9743 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9743 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9743_validation.pdf.gz | 610.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9743_full_validation.pdf.gz | 610.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9743_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9743_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9743 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9743 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3203 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The oxaloacetate decarboxylase beta-gamma sub-complex
全体 | 名称: The oxaloacetate decarboxylase beta-gamma sub-complex |
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要素 |
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-超分子 #1: The oxaloacetate decarboxylase beta-gamma sub-complex
超分子 | 名称: The oxaloacetate decarboxylase beta-gamma sub-complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: enterica serovar Typhimurium |
-分子 #1: Oxaloacetate decarboxylase beta chain
分子 | 名称: Oxaloacetate decarboxylase beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding) |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: enterica serovar Typhimurium |
分子量 | 理論値: 44.928801 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MESLNALLQG MGLMHLGAGQ AIMLLVSLLL LWLAIAKKFE PLLLLPIGFG GLLSNIPEAG MALTALESLL AHHDAGQLAV IAAKLNCAP DVHAIKEALA LALPSVQGQM ENLAVDMGYT PGVLALFYKV AIGSGVAPLV IFMGVGAMTD FGPLLANPRT L LLGAAAQF ...文字列: MESLNALLQG MGLMHLGAGQ AIMLLVSLLL LWLAIAKKFE PLLLLPIGFG GLLSNIPEAG MALTALESLL AHHDAGQLAV IAAKLNCAP DVHAIKEALA LALPSVQGQM ENLAVDMGYT PGVLALFYKV AIGSGVAPLV IFMGVGAMTD FGPLLANPRT L LLGAAAQF GIFATVLGAL TLNYFGLISF TLPQAAAIGI IGGADGPTAI YLSGKLAPEL LGAIAVAAYS YMALVPLIQP PI MRALTSE KERKIRMVQL RTVSKREKIL FPVVLLLLVA LLLPDAAPLL GMFCFGNLMR ESGVVERLSD TVQNGLINIV TIF LGLSVG AKLVADKFLQ PQTLGILLLG VIAFGIGTAA GVLMAKLLNL CSKNKINPLI GSAGVSAVPM AARVSNKVGL ESDA QNFLL MHAMGPNVAG VIGSAIAAGV MLKYVLAM UniProtKB: Oxaloacetate decarboxylase beta chain |
-分子 #2: Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain
分子 | 名称: Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding) |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: enterica serovar Typhimurium |
分子量 | 理論値: 11.137029 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTNAALLLGE GFTLMFLGMG FVLAFLFLLI FAIRGMSAAV NRFFPEPAPA PKAAPAAAAP VVDDFTRLK PVIAAAIHHH HRLNA UniProtKB: Probable oxaloacetate decarboxylase gamma chain |
-分子 #3: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子 | 名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: LMT |
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分子量 | 理論値: 510.615 Da |
Chemical component information | ChemComp-LMT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 821 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |