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万見
- EMDB-9709: Negative stain electron microscopy of the INO80 actin/Arp module ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9709
タイトルNegative stain electron microscopy of the INO80 actin/Arp module state I.
マップデータ3D reconstruction of the INO80 actin/Arp module state I.
試料
  • 複合体: actin/Arp module
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.96 Å
データ登録者Zhang X / Cai G
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2014CB910700 中国
引用ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2019
タイトル: Structure and functional interactions of INO80 actin/Arp module.
著者: Xuan Zhang / Xuejuan Wang / Zhihui Zhang / Gang Cai /
要旨: The presence and functions of nuclear actin have been controversial due to the lack of molecular mechanisms. Nuclear actin and actin-related proteins (Arps) are subunits of several chromatin ...The presence and functions of nuclear actin have been controversial due to the lack of molecular mechanisms. Nuclear actin and actin-related proteins (Arps) are subunits of several chromatin remodelers, including the evolutionarily conserved INO80 chromatin-remodeling complex. Here, we present an improved cryo-EM structure of the yeast INO80 complex and the first 3D reconstruction of the INO80 actin/Arp module. The modular and subunit architecture is defined using a combination of subunit deletion analysis and published crosslinking-mass spectrometry. The functional interactions of the INO80 actin/Arp module with a nucleosome is 3D EM reconstructed in two different binding states. Nucleosomes initially bind to the Arp8 subunit and the substantial conformational changes maximize nucleosome contacts of the actin/Arp module, which could promote the bound nucleosome to be engaged onto the INO80 ATPase domain. Our findings suggest that the conserved nuclear actin/Arp module acts a conformational switch of the INO80 for nucleosome binding.
履歴
登録2018年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月16日-
マップ公開2019年10月16日-
更新2019年10月16日-
現状2019年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0375
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0375
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9709.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9709.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of the INO80 actin/Arp module state I.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.54 Å/pix.
x 80 pix.
= 283.2 Å		3.54 Å/pix.
x 80 pix.
= 283.2 Å		3.54 Å/pix.
x 80 pix.
= 283.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0375 / ムービー #1: 0.0375
最小 - 最大-0.037797775 - 0.10551959
平均 (標準偏差)0.0005840794 (±0.0062889215)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 283.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.543.543.54
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.200283.200283.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0380.1060.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : actin/Arp module

全体名称: actin/Arp module
要素
  • 複合体: actin/Arp module

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超分子 #1: actin/Arp module

超分子名称: actin/Arp module / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Negative stain electron microscopy of the INO80 actin/Arp module state I.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2218
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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