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万見
- EMDB-9614: Negative stain EM reconstruction of Mycobacterium Mfd Oligomer (D... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9614
タイトルNegative stain EM reconstruction of Mycobacterium Mfd Oligomer (Dodecamer)
マップデータ1.5 sigma
試料
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)
    • タンパク質・ペプチド: Mycobactetrium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.77 Å
データ登録者Vinayak B / Putta S / Rao DN / Nagaraja V / Natesh R
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentBT/HRD/35/02/19/2009 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for nucleotide-mediated remodelling mechanism of Mycobacterium Mfd
著者: Putta S / Prabha S / Bhat V / Fox GC / Walsh MA / Rao DN / Nagaraja V / Natesh R
履歴
登録2018年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月4日-
マップ公開2019年9月4日-
更新2019年9月4日-
現状2019年9月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9614.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈1.5 sigma
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 190 pix.
= 323. Å		1.7 Å/pix.
x 190 pix.
= 323. Å		1.7 Å/pix.
x 190 pix.
= 323. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.136 / ムービー #1: 0.136
最小 - 最大-0.12277557 - 0.36352995
平均 (標準偏差)0.0208122 (±0.06767219)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ190190190
Spacing190190190
セルA=B=C: 323.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.71.71.7
M x/y/z190190190
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z323.000323.000323.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-2600
NX/NY/NZ264044
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS190190190
D min/max/mean-0.1230.3640.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mycobacterium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)

全体名称: Mycobacterium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)
要素
  • 複合体: Mycobacterium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)
    • タンパク質・ペプチド: Mycobactetrium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)

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超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)

超分子名称: Mycobacterium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Oligomeric MtbMfd fraction from Size Exclusion Chromatography.
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 株: H37Rv
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta (DE3) / 組換プラスミド: pETMtbMfd
分子量理論値: 1.596 MDa

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分子 #1: Mycobactetrium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)

分子名称: Mycobactetrium tuberculosis Mfd Oligomer (Dodecamer)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: MtbMfd oligomer peak from SEC / 光学異性体: LEVO / EC番号: ec: 3.4.6.-
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTAPGPACS DTPIAGLVEL ALSAPTFQQL MQRAGGRPDE LTLIAPASAR LLVASALARQ GPLLVVTATG R EADDLAAE LRGVFGDAVA LLPSWETLPH ERLSPGVDTV GTRLMALRRL AHPDDAQLGP PLGVVVTSVR SL LQPMTPQ ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MTAPGPACS DTPIAGLVEL ALSAPTFQQL MQRAGGRPDE LTLIAPASAR LLVASALARQ GPLLVVTATG R EADDLAAE LRGVFGDAVA LLPSWETLPH ERLSPGVDTV GTRLMALRRL AHPDDAQLGP PLGVVVTSVR SL LQPMTPQ LGMMEPLTLT VGDESPFDGV VARLVELAYT RVDMVGRRGE FAVRGGILDI FAPTAEHPVR VEF WGDEIT EMRMFSVADQ RSIPEIDIHT LVAFACRELL LSEDVRARAA QLAARHPAAE STVTGSASDM LAKL AEGIA VDGMEAVLPV LWSDGHALLT DQLPDGTPVL VCDPEKVRTR AADLIRTGRE FLEASWSVAA LGTAE NQAP VDVEQLGGSG FVELDQVRAA AARTGHPWWT LSQLSDESAI ELDVRAAPSA RGHQRDIDEI FAMLRA HIA TGGYAALVAP GTGTAHRVVE RLSESDTPAG MLDPGQAPKP GVVGVLQGPL RDGVIIPGAN LVVITET DL TGSRVSAAEG KRLAAKRRNI VDPLALTAGD LVVHDQHGIG RFVEMVERTV GGARREYLVL EYASAKRG G GAKNTDKLYV PMDSLDQLSR YVGGQAPALS RLGGSDWANT KTKARRAVRE IAGELVSLYA KRQASPGHA FSPDTPWQAE LEDAFGFTET VDQLTAIEEV KADMEKPIPM DRVICGDVGY GKTEIAVRAA FKAVQDGKQV AVLVPTTLL ADQHLQTFGE RMSGFPVTIK GLSRFTDAAE SRAVIDGLAD GSVDIVIGTH RLLQTGVRWK D LGLVVVDE EQRFGVEHKE HIKSLRTHVD VLTMSATPIP RTLEMSLAGI REMSTILTPP EERYPVLTYV GP HDDKQIA AALRRELLRD GQAFYVHNRV SSIDAAAARV RELVPEARVV VAHGQMPEDL LETTVQRFWN REH DILVCT TIVETGLDIS NANTLIVERA DTFGLSQLHQ LRGRVGRSRE RGYAYFLYPP QVPLTETAYD RLAT IAQNN ELGAGMAVAL KDLEIRGAGN VLGIEQSGHV AGVGFDLYVR LVGEALETYR DAYRAAADGQ TVRTA EEPK DVRIDLPVDA HLPPDYIASD RLRLEGYRRL AAASSDREVA AVVDELTDRY GALPEPARRL AAVARL RLL CRGSGITDVT AASAATVRLS PLTLPDSAQV RLKRMYPGAH YRATTATVQV PIPRAGGLGA PRIRDVE LV QMVADLITAL AGKPRQHIGI TNPSPPGEDG RGRNTTIKER QP

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20mM Tris pH8.0, 500mM NaCl, 10mM beta mercaptoethanol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: Negatively stained EM specimen were prepared by stained with 2% uranyl acetate for one minute and air dried.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
詳細: negative stain specimen was prepared by fishing method without Glow Discharge
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ORIUS SC600 (2.7k x 2.7k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 10.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected on CCD.
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率（補正後）: 52974 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 3.5 mm / 倍率（公称値）: 40000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2478
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: 60 A Low Pass filed MtdMfd 43 symmetry generated from PDB6ACA crystal structure
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 958
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: RELION 1.4
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: RELION 1.4
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6aca


Chain - Chain ID: A
詳細Initial manually moved into the EM map and then Rigid body fitted using 43 symmetry 12 mer as single rigid body into the EM map using Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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