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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9281 | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus: Genome-Binding Capsid N-terminal Domain | |||||||||||||||
マップデータ | EEEV map low pass-filtered to 4.8A to visualize features of capsid N-terminal domain | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Alphavirus / EEEV / Eastern Equine Encephalitis Virus / Sindbis / VIRUS | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Hasan SS / Sun C | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM Structures of Eastern Equine Encephalitis Virus Reveal Mechanisms of Virus Disassembly and Antibody Neutralization. 著者: S Saif Hasan / Chengqun Sun / Arthur S Kim / Yasunori Watanabe / Chun-Liang Chen / Thomas Klose / Geeta Buda / Max Crispin / Michael S Diamond / William B Klimstra / Michael G Rossmann / 要旨: Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an ...Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an alphavirus that causes fatal encephalitis in humans. Our analysis provides insights into viral entry into host cells. The envelope protein E2 showed a binding site for the cellular attachment factor heparan sulfate. The presence of a cryptic E2 glycan suggests how EEEV escapes surveillance by lectin-expressing myeloid lineage cells, which are sentinels of the immune system. A mechanism for nucleocapsid core release and disassembly upon viral entry was inferred based on pH changes and capsid dissociation from envelope proteins. The EEEV capsid structure showed a viral RNA genome binding site adjacent to a ribosome binding site for viral genome translation following genome release. Using five Fab-EEEV complexes derived from neutralizing antibodies, our investigation provides insights into EEEV host cell interactions and protective epitopes relevant to vaccine design. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9281.map.gz | 524.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9281-v30.xml emd-9281.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9281_fsc.xml | 23.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9281.png | 269 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9281.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_9281_half_map_1.map.gz emd_9281_half_map_2.map.gz | 238.7 MB 238.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9281 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9281 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9281_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9281_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9281_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9281_validation.cif.gz | 38.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9281 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9281 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6mx7MC 9249C 9274C 9275C 9278C 9279C 9280C 6muiC 6mw9C 6mwcC 6mwvC 6mwxC 6mx4C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EEEV map low pass-filtered to 4.8A to visualize features of capsid N-terminal domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: EEEV half map
ファイル | emd_9281_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EEEV half map
ファイル | emd_9281_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EEEV half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Eastern equine encephalitis virus capsid
全体 | 名称: Eastern equine encephalitis virus capsid |
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要素 |
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-超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus capsid
超分子 | 名称: Eastern equine encephalitis virus capsid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purified from infected BHK-15 cells |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
-分子 #1: Capsid
分子 | 名称: Capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.861496 KDa |
組換発現 | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
配列 | 文字列: MFPYPTLNYP PMAPINPMAY RDPNPPRQVA PFRPPLAAQI EDLRRSIANL TLKQRAPNPP AGPPAKRKKP APKPKPAQAK KKRPPPPAK KQKRKPKPGK RQRMCMKLES DKTFPIMLNG QVNGYACVVG GRVFKPLHVE GRIDNEQLAA IKLKKASIYD L EYGDVPQC ...文字列: MFPYPTLNYP PMAPINPMAY RDPNPPRQVA PFRPPLAAQI EDLRRSIANL TLKQRAPNPP AGPPAKRKKP APKPKPAQAK KKRPPPPAK KQKRKPKPGK RQRMCMKLES DKTFPIMLNG QVNGYACVVG GRVFKPLHVE GRIDNEQLAA IKLKKASIYD L EYGDVPQC MKSDTLQYTS DKPPGFYNWH HGAVQYENNR FTVPRGVGGK GDSGRPILDN KGRVVAIVLG GVNEGSRTAL SV VTWNQKG VTVKDTPEGS EPW UniProtKB: Structural polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: HELIUM / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 31.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6mx7: |