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- EMDB-9135: Cryo-EM structure of Human Parainfluenza Virus Type 3 (hPIV3) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9135
タイトルCryo-EM structure of Human Parainfluenza Virus Type 3 (hPIV3) in complex with antibody PIA174
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of hPIV3 Env Q162C-L168C, I213C-G230C, A463V, I474Y in complex with antibody PIA174
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: PIA174 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: PIA174 Fab Light chain
キーワードhPIV3 Envelope / asymmetric / complex / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-immune system complex
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Human respirovirus 3 (ウイルス) / Human parainfluenza virus 3 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Acharya P / Stewart-Jones G
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure-based design of a quadrivalent fusion glycoprotein vaccine for human parainfluenza virus types 1-4.
著者: Guillaume B E Stewart-Jones / Gwo-Yu Chuang / Kai Xu / Tongqing Zhou / Priyamvada Acharya / Yaroslav Tsybovsky / Li Ou / Baoshan Zhang / Blanca Fernandez-Rodriguez / Valentina Gilardi / ...著者: Guillaume B E Stewart-Jones / Gwo-Yu Chuang / Kai Xu / Tongqing Zhou / Priyamvada Acharya / Yaroslav Tsybovsky / Li Ou / Baoshan Zhang / Blanca Fernandez-Rodriguez / Valentina Gilardi / Chiara Silacci-Fregni / Martina Beltramello / Ulrich Baxa / Aliaksandr Druz / Wing-Pui Kong / Paul V Thomas / Yongping Yang / Kathryn E Foulds / John-Paul Todd / Hui Wei / Andres M Salazar / Diana G Scorpio / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Davide Corti / John R Mascola / Antonio Lanzavecchia / Peter D Kwong /
要旨: Parainfluenza virus types 1-4 (PIV1-4) are highly infectious human pathogens, of which PIV3 is most commonly responsible for severe respiratory illness in newborns, elderly, and immunocompromised ...Parainfluenza virus types 1-4 (PIV1-4) are highly infectious human pathogens, of which PIV3 is most commonly responsible for severe respiratory illness in newborns, elderly, and immunocompromised individuals. To obtain a vaccine effective against all four PIV types, we engineered mutations in each of the four PIV fusion (F) glycoproteins to stabilize their metastable prefusion states, as such stabilization had previously enabled the elicitation of high-titer neutralizing antibodies against the related respiratory syncytial virus. A cryoelectron microscopy structure of an engineered PIV3 F prefusion-stabilized trimer, bound to the prefusion-specific antibody PIA174, revealed atomic-level details for how introduced mutations improved stability as well as how a single PIA174 antibody recognized the trimeric apex of prefusion PIV3 F. Nine combinations of six newly identified disulfides and two cavity-filling mutations stabilized the prefusion PIV3 F immunogens and induced 200- to 500-fold higher neutralizing titers in mice than were elicited by PIV3 F in the postfusion conformation. For PIV1, PIV2, and PIV4, we also obtained stabilized prefusion Fs, for which prefusion versus postfusion titers were 2- to 20-fold higher. Elicited murine responses were PIV type-specific, with little cross-neutralization of other PIVs. In nonhuman primates (NHPs), quadrivalent immunization with prefusion-stabilized Fs from PIV1-4 consistently induced potent neutralizing responses against all four PIVs. For PIV3, the average elicited NHP titer from the quadrivalent immunization was more than fivefold higher than any titer observed in a cohort of over 100 human adults, highlighting the ability of a prefusion-stabilized immunogen to elicit especially potent neutralization.
履歴
登録2018年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月31日-
マップ公開2018年11月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.67
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.67
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mjz
  • 表面レベル: 1.67
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9135.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å		1.1 Å/pix.
x 320 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.67 / ムービー #1: 1.67
最小 - 最大-2.4087799 - 6.054476
平均 (標準偏差)0.007259601 (±0.10983016)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-2.4096.0540.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of hPIV3 Env Q162C-L168C, I213C-G230C, A463V, I474Y in co...

全体名称: Complex of hPIV3 Env Q162C-L168C, I213C-G230C, A463V, I474Y in complex with antibody PIA174
要素
  • 複合体: Complex of hPIV3 Env Q162C-L168C, I213C-G230C, A463V, I474Y in complex with antibody PIA174
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: PIA174 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: PIA174 Fab Light chain

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超分子 #1: Complex of hPIV3 Env Q162C-L168C, I213C-G230C, A463V, I474Y in co...

超分子名称: Complex of hPIV3 Env Q162C-L168C, I213C-G230C, A463V, I474Y in complex with antibody PIA174
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 54.970625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIDITKLQHV GVLVNSPKGM KISQNFETRY LILSLIPKIE DSNSCGDQQI KQYKRLLDRL IIPLYDGLKL QKDVIVTNQE SNENTDPRT ERFFGGVIGT IALGVATSAQ ITAAVALVEA KQAKSDIEKL KEAIRDTNKA VQSVCSSVGN CIVAIKSVQD Y VNKEIVPS ...文字列:
QIDITKLQHV GVLVNSPKGM KISQNFETRY LILSLIPKIE DSNSCGDQQI KQYKRLLDRL IIPLYDGLKL QKDVIVTNQE SNENTDPRT ERFFGGVIGT IALGVATSAQ ITAAVALVEA KQAKSDIEKL KEAIRDTNKA VQSVCSSVGN CIVAIKSVQD Y VNKEIVPS IARLGCEAAG LQLGIALTQH YSELTNCFGD NIGSLQEKGI KLQCIASLYR TNITEIFTTS TVDKYDIYDL LF TESIKVR VIDVDLNDYS ITLQVRLPLL TRLLNTQIYK VDSISYNIQN REWYIPLPSH IMTKGAFLGG ADVKECIEAF SSY ICPSDP GFVLNHEMES CLSGNISQCP RTTVTSDIVP RYAFVNGGVV ANCITTTCTC NGIGNRINQP PDQGVKIITH KECN TIGIN GMLFNTNKEG TLAFYTPDDI TLNNSVALDP IDISIELNKV KSDLEESKEW YRRSNQKLSA IEDKIEEILS KIYHI ENEI ARIKKLIGEA P

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: PIA174 Fab Heavy chain

分子名称: PIA174 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.512453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQLQESGPGL VKPSETLSLT CTVSGGSVSS YYWSWIRQPP GKGLEWIGNI YYSGTTKYNP SLKSRVTISV DVSKNQFSLN LISVTAADT AVYFCARQVK SGWFVQPFDY WGQGALVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
VQLQESGPGL VKPSETLSLT CTVSGGSVSS YYWSWIRQPP GKGLEWIGNI YYSGTTKYNP SLKSRVTISV DVSKNQFSLN LISVTAADT AVYFCARQVK SGWFVQPFDY WGQGALVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPK

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分子 #3: PIA174 Fab Light chain

分子名称: PIA174 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.68624 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QMTQSPPSLS AYVGDRVTIT CRASQAIANY LAWFQQKPGK APKSLIYAAS TLQSGVPSRF SGSGSGTDFT LTISSLQPED FATYYCHQY NTYPITFGQG TRLEIKRRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
QMTQSPPSLS AYVGDRVTIT CRASQAIANY LAWFQQKPGK APKSLIYAAS TLQSGVPSRF SGSGSGTDFT LTISSLQPED FATYYCHQY NTYPITFGQG TRLEIKRRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 1.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 97177
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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