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- EMDB-9062: HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9062
タイトルHIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
マップデータHIV-1 Envelope Glycoprotein in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
試料
  • 複合体: HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151, Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードFusion protein-Fab complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Berndsen ZT / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI113867 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI100663 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Differential processing of HIV envelope glycans on the virus and soluble recombinant trimer.
著者: Liwei Cao / Matthias Pauthner / Raiees Andrabi / Kimmo Rantalainen / Zachary Berndsen / Jolene K Diedrich / Sergey Menis / Devin Sok / Raiza Bastidas / Sung-Kyu Robin Park / Claire M ...著者: Liwei Cao / Matthias Pauthner / Raiees Andrabi / Kimmo Rantalainen / Zachary Berndsen / Jolene K Diedrich / Sergey Menis / Devin Sok / Raiza Bastidas / Sung-Kyu Robin Park / Claire M Delahunty / Lin He / Javier Guenaga / Richard T Wyatt / William R Schief / Andrew B Ward / John R Yates / Dennis R Burton / James C Paulson /
要旨: As the sole target of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV, the envelope glycoprotein (Env) trimer is the focus of vaccination strategies designed to elicit protective bnAbs in humans. ...As the sole target of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV, the envelope glycoprotein (Env) trimer is the focus of vaccination strategies designed to elicit protective bnAbs in humans. Because HIV Env is densely glycosylated with 75-90 N-glycans per trimer, most bnAbs use or accommodate them in their binding epitope, making the glycosylation of recombinant Env a key aspect of HIV vaccine design. Upon analysis of three HIV strains, we here find that site-specific glycosylation of Env from infectious virus closely matches Envs from corresponding recombinant membrane-bound trimers. However, viral Envs differ significantly from recombinant soluble, cleaved (SOSIP) Env trimers, strongly impacting antigenicity. These results provide a benchmark for virus Env glycosylation needed for the design of soluble Env trimers as part of an overall HIV vaccine strategy.
履歴
登録2018年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月19日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mar
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9062.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9062.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV-1 Envelope Glycoprotein in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 320 pix.
= 384. Å		1.2 Å/pix.
x 320 pix.
= 384. Å		1.2 Å/pix.
x 320 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.05519886 - 0.18343367
平均 (標準偏差)0.00016797429 (±0.005449886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21.21.2
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.000384.000384.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0550.1830.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9062_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HIV-1 Envelope Glycoprotein in complex with broadly neutralizing...

ファイルemd_9062_half_map_1.map
注釈HIV-1 Envelope Glycoprotein in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HIV-1 Envelope Glycoprotein in complex with broadly neutralizing...

ファイルemd_9062_half_map_2.map
注釈HIV-1 Envelope Glycoprotein in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex wi...

全体名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
要素
  • 複合体: HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PGT151, Light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex wi...

超分子名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain

分子名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.087438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF ...文字列:
RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DK

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分子 #2: Immunoglobulin G PGT151, Light chain

分子名称: Immunoglobulin G PGT151, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.057809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #3: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 55.261566 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DAENLWVTVY YGVPVWKDAE TTLFCASDAK AYETEKHNVW ATHACVPTDP NPQEIHLENV TEEFNMWKN NMVEQMHTDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVT LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNMTTELR DKKQKVYSLF Y RLDVVQIN ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DAENLWVTVY YGVPVWKDAE TTLFCASDAK AYETEKHNVW ATHACVPTDP NPQEIHLENV TEEFNMWKN NMVEQMHTDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVT LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNMTTELR DKKQKVYSLF Y RLDVVQIN ENQGNRSNNS NKEYRLINCN TSAITQACPK VSFEPIPIHY CAPAGFAILK CKDKKFNGTG PCPSVSTVQC TH GIKPVVS TQLLLNGSLA EEEVMIRSEN ITNNAKNILV QFNTPVQINC TRPNNNTRKS IRIGPGQAFY ATGDIIGDIR QAH CTVSKA TWNETLGKVV KQLRKHFGNN TIIRFANSSG GDLEVTTHSF NCGGEFFYCN TSGLFNSTWI SNTSVQGSNS TGSN DSITL PCRIKQIINM WQRIGQAMYA PPIQGVIRCV SNITGLILTR DGGSTNSTTE TFRPGGGDMR DNWRSELYKY KVVKI EPLG VAPTRAKRRV

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #4: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 24.9086 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VGREKRAVGI GAVFLGFLGA AGSTMGAASM TLTVQARNLL SGIVQQQSNL LRAIEAQQHL LKLTVWGIKQ LQARVLAVER YLRDQQLLG IWGCSGKLIC TTNVPWNSSW SNRNLSEIWD NMTWLQWDKE ISNYTQIIYG LLEESQNQQE KNEQDLLALD K WASLWNWF ...文字列:
VGREKRAVGI GAVFLGFLGA AGSTMGAASM TLTVQARNLL SGIVQQQSNL LRAIEAQQHL LKLTVWGIKQ LQARVLAVER YLRDQQLLG IWGCSGKLIC TTNVPWNSSW SNRNLSEIWD NMTWLQWDKE ISNYTQIIYG LLEESQNQQE KNEQDLLALD K WASLWNWF DISNWLWYIK IFIMIVGGLI GLRIVFAVLS VIHRVRQGGG SGGGWSHPQF EK

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 22 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.18 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2335 / 平均露光時間: 9.5 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 67010
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5fuu


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6mar:
HIV-1 Envelope Glycoprotein Clone BG505 delCT N332T in complex with broadly neutralizing antibody Fab PGT151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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