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万見
- PDB-8t99: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t99
タイトルDiphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with Scyllo-L-1,4-[PP]2-(2,3)IP2, Mg, and Fluoride ion
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / inositol phosphate / inositol / phosphatase / NUT3
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity ...diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / RNA decapping / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cell-cell signaling / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / Chem-ZOW / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES080046-31 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9388
ポリマ－17,1151
非ポリマー8237
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.824, 59.634, 62.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 / DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked ...DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 3 / Nudix motif 3


分子量: 17115.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT3, DIPP, DIPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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非ポリマー , 5種, 214分子

#2: 化合物 ChemComp-ZOW / (1R,2S,3S,4R,5S,6S)-2,3-dihydroxy-5,6-bis(phosphonooxy)cyclohexane-1,4-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)]


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG8000, 10% v/v isopropanol, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 5 mM IP6, soaked in 200 mM lithium chloride, 20% w/v PEG8000, 20% v/v isopropanol, 100 mM sodium ...詳細: 10% w/v PEG8000, 10% v/v isopropanol, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 5 mM IP6, soaked in 200 mM lithium chloride, 20% w/v PEG8000, 20% v/v isopropanol, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 20 mM magnesium chloride, 100 mM sodium fluoride in presence of TvIPK reaction solution with L-scyllo-(1,2,3,4)IP4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 26499 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.538.30.48810660.9280.9810.1680.5180.4477.2
1.53-1.558.10.41710380.9330.9830.1450.4430.46475.7
1.55-1.588.50.41612180.950.9870.1420.4420.46487.8
1.58-1.629.50.3913140.9590.990.1280.4120.46895.6
1.62-1.659.90.35813300.9750.9940.1160.3780.596.7
1.65-1.6910.30.32913610.9760.9940.1060.3460.50597.2
1.69-1.7310.30.30813510.980.9950.10.3240.50597.5
1.73-1.7810.40.2613540.9870.9970.0840.2740.54997.6
1.78-1.8310.40.22713500.9890.9970.0740.2390.58597.6
1.83-1.8910.20.20413660.9880.9970.0670.2150.60698.1
1.89-1.969.90.16513710.9890.9970.0550.1740.70898.3
1.96-2.049.50.14413670.9910.9980.0490.1520.76998.3
2.04-2.138.90.12212430.9930.9980.0420.130.86988.2
2.13-2.2410.40.10413010.9950.9990.0330.1090.93893.4
2.24-2.3811.30.09113970.9970.9990.0280.0961.02498.9
2.38-2.5611.20.07914080.9970.9990.0240.0831.06499.2
2.56-2.82110.07314020.9970.9990.0230.0761.18699.2
2.82-3.2310.50.06514270.9980.9990.0210.0681.48199.3
3.23-4.079.50.05513260.9980.9990.0180.0581.79990.7
4.07-5010.50.04815090.99910.0150.051.50597.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→31.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.362 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18271 1318 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.15732 25145 93.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.491 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.64 Å20 Å2-0 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→31.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1095 0 42 207 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.011.6881706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4991.5932599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0415155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.98621.33375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4315218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1171512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2040.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5721.586579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5731.58578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3822.367734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3822.374735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0832.028663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0622.011655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.782.873955
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.18321.6241462
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.00720.4021396
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 63 -
Rwork0.231 1459 -
obs--74.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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