PDB-8t93: Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t93

タイトル

Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-L-(1,2,3,4)-IP4

要素

Kinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / soil

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Terrestrivirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t93.cif.gz	68.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t93.ent.gz	46.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t93.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t93_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t93_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8t93_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	8t93_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t93	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t8uC 8t8vC 8t8wC 8t8xC 8t8yC 8t8zC 8t90C 8t91C 8t92C 8t95C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinase

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.671, 103.415, 103.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-621- HOH
2	1	A-689- HOH
3	1	A-714- HOH

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZNQ / (1R,2S,3S,4R,5S,6S)-5,6-dihydroxycyclohexane-1,2,3,4-tetrayl tetrakis[dihydrogen (phosphate)] / scyllo-L-(1,2,3,4)-IP4 / シクロヘキサン-1β,2α,3β,4α,5β,6α-ヘキサオ-ル3,4,5,6-テトラキスりん酸分子量: 500.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₆O₁₈P₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM L-scyllo- (1,2,3,4) ...詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM L-scyllo- (1,2,3,4)IP4, 5mM ADP and 10mM MgCl2

結晶

マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM L-scyllo- (1,2,3,4) ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 25569 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.985 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 284558

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	10.8	0.747	1261	0.881	0.968	0.237	0.785	0.973	99.5
1.98-2.02	11.1	0.634	1268	0.908	0.976	0.198	0.665	1.02	99.6
2.02-2.06	11.5	0.494	1243	0.946	0.986	0.152	0.517	0.993	99.6
2.06-2.1	11.4	0.423	1286	0.964	0.991	0.13	0.443	1.01	99.3
2.1-2.15	11.5	0.339	1249	0.976	0.994	0.103	0.355	1.022	99.4
2.15-2.2	11.3	0.275	1258	0.984	0.996	0.085	0.288	1.011	99.3
2.2-2.25	11.3	0.249	1276	0.983	0.996	0.077	0.261	1.01	99.2
2.25-2.31	11.1	0.201	1251	0.989	0.997	0.062	0.211	0.998	98.7
2.31-2.38	10.8	0.16	1238	0.993	0.998	0.05	0.168	0.991	98.3
2.38-2.46	10	0.131	1279	0.994	0.998	0.042	0.138	0.942	99
2.46-2.54	11.6	0.122	1279	0.996	0.999	0.037	0.128	1.008	99.8
2.54-2.65	11.8	0.096	1268	0.997	0.999	0.029	0.1	0.909	99.9
2.65-2.77	11.5	0.079	1295	0.997	0.999	0.024	0.082	0.89	100
2.77-2.91	11.4	0.064	1281	0.997	0.999	0.02	0.067	0.879	99.7
2.91-3.1	11.2	0.054	1270	0.998	1	0.017	0.057	0.817	99.5
3.1-3.33	10.9	0.042	1290	0.998	1	0.013	0.044	0.824	98.7
3.33-3.67	10.2	0.035	1266	0.997	0.999	0.011	0.037	0.916	98
3.67-4.2	11.7	0.032	1302	0.999	1	0.01	0.034	0.735	99.6
4.2-5.29	11.4	0.033	1327	0.999	1	0.01	0.035	0.802	99.7
5.29-50	10.2	0.047	1382	0.988	0.997	0.016	0.05	1.999	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.95→48.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 2.607 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19619	1290	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16409	-	-	-
obs	0.16573	24214	99.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.95→48.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	56	222	2042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.873	1.666	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.499	1.595	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.979	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.596	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.318	15	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	30.011	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	383
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.451	1.995	877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.435	1.987	876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.595	2.961	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.594	2.971	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.963	2.574	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.833	2.561	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.946	3.644	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.733	25.463	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.697	25.006	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	69	-
R_work	0.228	1764	-
obs	-	-	98.23 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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