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- PDB-8t92: Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t92
タイトルCrystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-D-(1,2,3,4)-IP4
要素Kinase
キーワードVIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / soil
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase superfamily / Inositol polyphosphate kinase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Chem-XID / Kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Terrestrivirus sp. (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZI AES080046-31 米国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7596
ポリマ－28,6891
非ポリマー1,0715
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.532, 104.128, 103.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Kinase


分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6

-
非ポリマー , 5種, 103分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-XID / (1S,2R,3R,4S,5R,6R)-5,6-dihydroxycyclohexane-1,2,3,4-tetrayl tetrakis[dihydrogen (phosphate)] / シクロヘキサン-1α,2β,3α,4β,5α,6β-ヘキサオ-ル3,4,5,6-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM D-scyllo- (1,2,3,4) ...詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM D-scyllo- (1,2,3,4)IP4, 5mM ADP and 10mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 15183 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19.8 % / CC1/2: 0.978 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 299894
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3415.60.9037500.8730.9650.2240.9330.87799.2
2.34-2.38160.8917380.8690.9640.2210.920.83599.3
2.38-2.43160.8157680.9060.9750.2050.8420.86699.4
2.43-2.4820.80.8027310.9410.9850.1780.8220.86299.9
2.48-2.5322.90.697760.9630.9910.1460.7050.883100
2.53-2.5923.40.6097340.9660.9910.1270.6220.8999.9
2.59-2.66240.547690.9770.9940.1120.5520.88599.9
2.66-2.73240.4667390.9830.9960.0970.4770.95699.9
2.73-2.8123.70.47580.9820.9950.0840.4090.9599.9
2.81-2.923.50.3187730.990.9970.0670.3250.95399.9
2.9-323.40.2897440.9850.9960.0610.2960.97100
3-3.1221.60.2237630.9880.9970.050.2291.01899.9
3.12-3.26210.1857500.990.9970.0420.191.11999.9
3.26-3.4419.20.1537630.9880.9970.0370.1581.14599.2
3.44-3.6518.20.137440.9910.9980.0320.1341.20798
3.65-3.9318.70.1077610.9920.9980.0280.1111.17999
3.93-4.33160.0947700.9930.9980.0270.0981.22698.2
4.33-4.9513.40.0827430.9920.9980.0260.0871.16996.1
4.95-6.2415.70.0847830.9940.9980.0240.0871.13398.9
6.24-5018.40.1048260.9820.9960.0270.1081.49397.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→37.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 4.991 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22845 728 5.1 %RANDOM
Rwork0.16832 ---
obs0.17142 13443 91.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.676 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→37.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1764 0 62 98 1924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.6632542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3391.5953954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.625217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.39723.43499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.91115342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.507159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0232.937871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9582.93870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7534.3811087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.7634.3931088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6013.511005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2913.482997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.7725.0041444
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.97933.492062
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.58433.2962044
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 33 -
Rwork0.204 590 -
obs--55.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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