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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t90 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and myo-(3OH)IP5 | ||||||
要素 | Kinase | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / soil | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inositol tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Terrestrivirus sp. (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2024 タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus. 著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t90.cif.gz | 64.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t90.ent.gz | 43.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t90.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t90_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8t90_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8t90_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t90_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t90 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t8uC 8t8vC 8t8wC 8t8xC 8t8yC 8t8zC 8t91C 8t92C 8t93C 8t95C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-ZNZ / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM myo-(3OH)-IP5, 5mM ADP and 10mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 15669 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 191597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
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