PDB-8t8z: Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t8z

タイトル

Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and myo-(1OH)IP5

要素

Kinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / soil

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol tetrakisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Terrestrivirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t8z.cif.gz	64.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t8z.ent.gz	43.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t8z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t8z_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t8z_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8t8z_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	8t8z_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t8uC 8t8vC 8t8wC 8t8xC 8t8yC 8t90C 8t91C 8t92C 8t93C 8t95C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinase

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.841, 103.835, 102.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-538- HOH

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZNU / (1S,2R,3S,4S,5S,6S)-6-hydroxycyclohexane-1,2,3,4,5-pentayl pentakis[dihydrogen (phosphate)] / myo-(1OH)IP5 / L-myo-イノシト-ル1,2,4,5,6-ペンタキスりん酸分子量: 580.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₇O₂₁P₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM myo-(1OH)-IP5, 5mM ADP and 10mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 10770 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 0.923 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 76436

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	6.9	0.692	555	0.754	0.927	0.273	0.748	0.852	98.8
2.64-2.69	7.1	0.592	511	0.762	0.93	0.234	0.641	0.867	99.6
2.69-2.74	7.2	0.495	523	0.823	0.95	0.196	0.536	0.844	99.8
2.74-2.8	7.1	0.466	531	0.808	0.945	0.187	0.505	0.838	99.8
2.8-2.86	7.2	0.363	540	0.916	0.978	0.144	0.393	0.863	99.8
2.86-2.93	7	0.348	534	0.917	0.978	0.141	0.378	0.869	100
2.93-3	7	0.325	524	0.895	0.972	0.134	0.354	0.906	100
3-3.08	6.9	0.265	527	0.935	0.983	0.11	0.289	0.911	100
3.08-3.17	6.5	0.189	546	0.965	0.991	0.08	0.206	0.968	99.5
3.17-3.28	5.8	0.152	516	0.969	0.992	0.068	0.168	0.927	97.2
3.28-3.39	7	0.133	539	0.978	0.995	0.054	0.144	0.972	99.1
3.39-3.53	7.8	0.113	527	0.987	0.997	0.044	0.122	0.984	99.8
3.53-3.69	7.9	0.089	531	0.993	0.998	0.034	0.096	0.978	99.8
3.69-3.88	7.7	0.068	548	0.996	0.999	0.026	0.074	1.043	99.6
3.88-4.13	7.7	0.056	534	0.997	0.999	0.022	0.061	0.967	99.6
4.13-4.45	7.5	0.045	540	0.998	0.999	0.018	0.049	0.975	99.6
4.45-4.89	7.4	0.039	544	0.999	1	0.015	0.042	1.012	99.3
4.89-5.6	7.1	0.041	549	0.998	0.999	0.016	0.044	0.852	98.9
5.6-7.05	6.3	0.044	546	0.998	0.999	0.018	0.047	0.879	97.3
7.05-50	7	0.024	605	0.999	1	0.009	0.025	0.907	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.6→46.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 8.938 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2347	525	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17447	-	-	-
obs	0.17761	9615	93.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1772	0	60	58	1890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.616	1.668	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.277	1.596	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.652	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.174	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.522	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.34	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.88	3.806	867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.845	3.8	866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.602	5.696	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.607	5.705	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.807	4.39	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.776	4.379	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.903	6.391	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.915	43.386	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.917	43.401	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.602→2.669 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	27	-
R_work	0.277	550	-
obs	-	-	72.03 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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