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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rsa | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF TWO COVALENT NUCLEOSIDE DERIVATIVES OF RIBONUCLEASE A | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE (PHOSPHORIC DIESTER) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Nachman, J. / Wlodawer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Crystal structure of two covalent nucleoside derivatives of ribonuclease A. 著者: Nachman, J. / Miller, M. / Gilliland, G.L. / Carty, R. / Pincus, M. / Wlodawer, A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988 タイトル: Structure of Phosphate-Free Ribonuclease A Refined at 1.26 Angstroms 著者: Wlodawer, A. / Svensson, L.A. / Sjolin, L. / Gilliland, G.L. #2: ジャーナル: Proteins / 年: 1986 タイトル: Multiple Conformations of Amino Acid Residues in Ribonuclease A 著者: Svensson, L.A. / Sjolin, L. / Gilliland, G.L. / Finzel, B.C. / Wlodawer, A. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986 タイトル: Comparison of Two Independently Refined Models of Ribonuclease-A 著者: Wlodawer, A. / Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Howlin, B. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982 タイトル: The Refined Crystal Structure of Ribonuclease A at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Wlodawer, A. / Bott, R. / Sjolin, L. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF ...SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF SHEET S1, RESIDUES 88 AND 89 *BULGE OUT*. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 2, TWO SHEETS (S1A AND S1B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1 AND 3 OF *SHEETS* S1A AND S1B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 2 DIFFERS. SHEET S2 COMPRISES FOUR STRANDS. RESIDUE 120 DOES NOT PROPERLY BELONG IN STRAND 4 OF SHEET S2. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 4, TWO SHEETS (S2A AND S2B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1,2,3 OF *SHEETS* S2A AND S2B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 4 DIFFERS. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rsa.cif.gz | 65.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rsa.ent.gz | 49.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rsa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rsa_validation.pdf.gz | 492.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rsa_full_validation.pdf.gz | 497.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8rsa_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rsa_validation.cif.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rs/8rsa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUES 93 AND 114 OF EACH CHAIN ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: S2 / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.63 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.1 / 手法: unknown / 詳細: pH was adjusted to 5.1 with acetate buffer | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.77 Å / Num. all: 22820 / Num. obs: 21460 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Num. measured all: 60943 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROFFT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / Rfactor obs: 0.162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.77 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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