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万見
- PDB-8r5r: Structure of apo TDO with a bound inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r5r
タイトルStructure of apo TDO with a bound inhibitor
要素Tryptophan 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / inhibitor / apo / heme
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nitroglycerin / : / tryptophan 2,3-dioxygenase / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / : / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...response to nitroglycerin / : / tryptophan 2,3-dioxygenase / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / : / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 2,3-dioxygenase / Tryptophan 2,3-dioxygenase / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y5N / alpha-methyl-L-tryptophan / Tryptophan 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.078 Å
データ登録者Wicki, M. / Mac Sweeney, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Discovery and binding mode of small molecule inhibitors of the apo form of human TDO2.
著者: Lotz-Jenne, C. / Lange, R. / Cren, S. / Bourquin, G. / Goglia, L. / Kimmerlin, T. / Wicki, M. / Muller, M. / Artico, N. / Ackerknecht, S. / Pfaff, P. / Joesch, C. / Mac Sweeney, A.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Discovery and binding mode of a small molecule inhibitor of the apo form of human TDO2
著者: Lotz-Jenne, C. / Lange, R. / Cren, S. / Bourquin, G. / Goglia, L. / Kimmerlin, T. / Wicki, M. / Mueller, M. / Artico, N. / Ackerknecht, S. / Joesch, C. / Mac Sweeney, A.
履歴
登録2023年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 2,3-dioxygenase
B: Tryptophan 2,3-dioxygenase
C: Tryptophan 2,3-dioxygenase
D: Tryptophan 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,75812
ポリマ－171,5124
非ポリマー2,2468
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17800 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area50830 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)91.738, 132.906, 137.495
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tryptophan 2,3-dioxygenase


分子量: 42878.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP523 / 参照: UniProt: P48775
#2: 化合物
ChemComp-Y5N / 3-chloranyl-~{N}-[(1~{S})-1-(6-chloranylpyridin-3-yl)-2-phenyl-ethyl]aniline


分子量: 343.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16Cl2N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZIQ / alpha-methyl-L-tryptophan / α-メチル-L-トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14N2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5.3 mg/ml (124 uM) protein containing 2 mM AMT and 1 mM inhibitor Reservoir solution: Morpheus II condition F8 5%(w/v) PEG 20K, 25%(w/v) 1,1,1-tris(hydroxymethyl)propane, 1%(w/v) NDSB 195,0. ...詳細: 5.3 mg/ml (124 uM) protein containing 2 mM AMT and 1 mM inhibitor Reservoir solution: Morpheus II condition F8 5%(w/v) PEG 20K, 25%(w/v) 1,1,1-tris(hydroxymethyl)propane, 1%(w/v) NDSB 195,0.02M of each Monosaccharide II, 0.1M BES/TEA pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→76.31 Å / Num. obs: 27716 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.08→3.24 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1386 / CC1/2: 0.536 / Rsym value: 0.648 / % possible all: 60.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.078→50.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.474
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1368 -RANDOM
Rwork0.2267 ---
obs0.228 27708 87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 83.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2922 Å20 Å20 Å2
2---2.2458 Å20 Å2
3----0.0465 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.078→50.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9839 0 156 7 10002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00710232HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8213877HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3408SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1732HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10232HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1311SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8223SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.41
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.18 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3248 37 -
Rwork0.3271 --
obs0.327 555 19.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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