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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r5q | ||||||
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タイトル | Structure of apo TDO with a bound inhibitor | ||||||
要素 | Tryptophan 2,3-dioxygenaseトリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / apo / heme (ヘム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / トリプトファン-2,3-ジオキシゲナーゼ / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Wicki, M. / Mac Sweeney, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Discovery and binding mode of a small molecule inhibitor of the apo form of human TDO2 著者: Lotz-Jenne, C. / Lange, R. / Cren, S. / Bourquin, G. / Goglia, L. / Kimmerlin, T. / Wicki, M. / Mueller, M. / Artico, N. / Ackerknecht, S. / Joesch, C. / Mac Sweeney, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r5q.cif.gz | 257.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r5q.ent.gz | 204.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r5q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8qv7C 8r5rC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42878.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP523 / 参照: UniProt: P48775 #2: 化合物 | ChemComp-Y5N / #3: 化合物 | ChemComp-ZIQ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 5.3 mg/ml (124 uM) protein containing 2 mM AMT and 1 mM inhibitor, 12.5 % PEG 4000, 20% hexanetriol, 20 mM each of arginine, threonine, histidine, 5-hydroxylysine, trans-4-hydroxy-L-proline, 100 mM AMPD pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→94.8 Å / Num. obs: 39729 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.86 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 16059 / CC1/2: 0.61 / % possible all: 58.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→75.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 2.302 / SU Rfree Blow DPI: 0.367
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原子変位パラメータ | Biso mean: 78.93 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.46 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→75.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.62→2.77 Å
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