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- PDB-8q5i: Structure of Candida albicans 80S ribosome in complex with cephaeline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q5i
タイトルStructure of Candida albicans 80S ribosome in complex with cephaeline
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 23
  • (60S ribosomal protein ...) x 37
  • (Ribosomal protein ...) x 10
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S
  • DNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*G)-3')
  • Mixture of endogenous E-tRNAs
キーワードRIBOSOME / Candida albicans / cephaeline
機能・相同性
機能・相同性情報


yeast-form cell wall / hyphal cell wall / preribosome / positive regulation of translational fidelity / pre-mRNA 5'-splice site binding / nonfunctional rRNA decay / preribosome, small subunit precursor / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / translational elongation ...yeast-form cell wall / hyphal cell wall / preribosome / positive regulation of translational fidelity / pre-mRNA 5'-splice site binding / nonfunctional rRNA decay / preribosome, small subunit precursor / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal small subunit export from nucleus / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / cell surface / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L13e, conserved site ...: / : / : / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L19e signature. / : / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L10e / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L30e, conserved site / : / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal
類似検索 - ドメイン・相同性
Cephaeline / SPERMIDINE / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...Cephaeline / SPERMIDINE / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein eS30 / Small ribosomal subunit protein uS14 / 60S ribosomal protein L42-B / Ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S17-B / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein L22 / 60S ribosomal protein L7-A / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L33-A / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L13 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 60S ribosomal protein L20 / 40S ribosomal protein S28-B / 60S ribosomal protein L8 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L9-B / 60S ribosomal protein L23-A / 60S ribosomal protein L24-A / 60S ribosomal protein L18-A / 40S ribosomal protein S19-A / 40S ribosomal protein S7 / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S22-A / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S23 (S12) / Small ribosomal subunit protein uS11 / 60S ribosomal protein L34-B / 60S ribosomal protein L21-A / 60S ribosomal protein L31-B / 60S ribosomal protein L11-B / Ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L2-B / 60S ribosomal protein L14-B / Ribosomal protein L24 / 40S ribosomal protein S18-B / 40S ribosomal protein S13 / 60S ribosomal protein L4-B / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Small ribosomal subunit protein eS21
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
Synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Stetsenko, A. / Atamas, A. / Guskov, A. / Yusupov, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)FDT202204014886 フランス
引用ジャーナル: Biopolym Cell / 年: 2023
タイトル: Structural characterization of cephaeline binding to the eukaryotic ribosome using Cryo-Electron Microscopy
著者: Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Stetsenko, A. / Atamas, A. / Wu, C. / Jenner, L. / Sachs, S.M. / Guskov, A. / Yusupov, M.
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: 25S rRNA
3: 5S
4: 5.8S rRNA
10: Mixture of endogenous E-tRNAs
j: 60S ribosomal protein L2-B
k: 60S ribosomal protein L3
l: 60S ribosomal protein L4-B
m: 60S ribosomal protein L5
n: 60S ribosomal protein L6
o: 60S ribosomal protein L7-A
p: 60S ribosomal protein L8
q: 60S ribosomal protein L9-B
r: 60S ribosomal protein L10
s: 60S ribosomal protein L11-B
t: 60S ribosomal protein L13
u: 60S ribosomal protein L14-B
v: 60S ribosomal protein L15-A
w: Ribosomal protein L13
x: Ribosomal protein L22
y: 60S ribosomal protein L18-A
z: 60S ribosomal protein L19-A
0: 60S ribosomal protein L20
2: 60S ribosomal protein L21-A
5: 60S ribosomal protein L22-B
6: 60S ribosomal protein L23-A
7: 60S ribosomal protein L24-A
8: 60S ribosomal protein L25
9: Ribosomal protein L24
AA: 60S ribosomal protein L27
AB: 60S ribosomal protein L28
AC: 60S ribosomal protein L29
AD: 60S ribosomal protein L30
AE: 60S ribosomal protein L31-B
AF: 60S ribosomal protein L32
AG: 60S ribosomal protein L33-A
AH: 60S ribosomal protein L34-B
AI: Ribosomal protein L29
AJ: 60S ribosomal protein L36
AK: 60S ribosomal protein L37-B
AL: 60S ribosomal protein L38
AM: 60S ribosomal protein L39
AN: 60S ribosomal protein L40-B
AO: 60S ribosomal protein L41
AP: 60S ribosomal protein L42-B
AQ: 60S ribosomal protein L43-A
A: 18S ribosomal RNA
B: 40S ribosomal protein S0
C: 40S ribosomal protein S1
D: Ribosomal protein S5
E: Ribosomal protein S3
F: 40S ribosomal protein S4
G: Ribosomal protein S7
H: 40S ribosomal protein S6
I: 40S ribosomal protein S7
J: 40S ribosomal protein S8
K: Ribosomal protein S4
L: 40S ribosomal protein S10-A
M: 40S ribosomal protein S11A
O: 40S ribosomal protein S13
P: 40S ribosomal protein S14-A
Q: 40S ribosomal protein S15
R: 40S ribosomal protein S16
S: 40S ribosomal protein S17-B
T: 40S ribosomal protein S18-B
U: 40S ribosomal protein S19-A
V: Ribosomal protein S10
W: 40S ribosomal protein S21
X: 40S ribosomal protein S22-A
Y: Ribosomal protein S23 (S12)
Z: 40S ribosomal protein S24
b: 40S ribosomal protein S26
c: 40S ribosomal protein S27
d: 40S ribosomal protein S28-B
e: 40S ribosomal protein S29A
f: 40S ribosomal protein S30
g: DNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,022,582455
ポリマ－3,011,45376
非ポリマー11,129379
水21,0051166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 13410Ag

#1: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1085306.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: 1305241335
#2: RNA鎖 5S


分子量: 38943.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: X16634.1
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50683.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: OQ195134.1
#4: RNA鎖 Mixture of endogenous E-tRNAs


分子量: 4461.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The correct sequence should be GGCAGCAUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUAGGACUCAUAAGCCUAAGGUCACUGGUUCAAUUCCAGUUCUGCUACCA. Like GGCAG - gap - CUGCUACCA
由来: (天然) Candida albicans (酵母)
#46: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 575838.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: GenBank: XR_002086442.1
#76: RNA鎖 DNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*G)-3')


分子量: 1625.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

+
60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 jklmnopqrstuvyz025678AAABACADAEAFAGAHAJ...

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L2-B


分子量: 27366.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1X9
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44040.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q59LS1
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L4-B


分子量: 39282.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F4H4
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34557.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5AGZ7
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 19798.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P834
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A


分子量: 27446.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BVN2
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28549.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C337
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L9-B


分子量: 21755.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3N3
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 25236.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5AIB8
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L11-B


分子量: 19859.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1S5
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23105.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F5V7
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14-B


分子量: 14748.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F332
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A


分子量: 24389.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q5A6R1
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A


分子量: 20817.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C4Y1
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A


分子量: 21942.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK40
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L20


分子量: 20376.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZJ3
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 18049.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1C8
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L22-B


分子量: 14107.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PM41
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A


分子量: 14508.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C444
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A


分子量: 17430.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C4U1
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L25


分子量: 15873.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F6A1
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15551.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P843
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 16703.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BVY8
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7135.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0G8
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 11520.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PM75
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L31-B


分子量: 12993.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1M1
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 14993.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: O94008
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A


分子量: 12138.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BW57
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L34-B


分子量: 13774.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F171
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / L39


分子量: 11096.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: P47834
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L37-B


分子量: 10102.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PF45
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8911.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PG16
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / L46


分子量: 6347.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q96W55
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L40-B


分子量: 6078.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PL68
#43: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3396.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: P9WER7
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L42-B


分子量: 12285.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BR69
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A


分子量: 10136.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PP14

-
Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 wx9AIDEGKVY

#18: タンパク質 Ribosomal protein L13


分子量: 22685.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ56
#19: タンパク質 Ribosomal protein L22


分子量: 21002.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BUG0
#28: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 14215.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F3X2
#37: タンパク質 Ribosomal protein L29


分子量: 14118.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F6B7
#49: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 26917.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ90
#50: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 27313.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYS1
#52: タンパク質 Ribosomal protein S7


分子量: 25319.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BS29
#56: タンパク質 Ribosomal protein S4


分子量: 21765.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F1X2
#66: タンパク質 Ribosomal protein S10


分子量: 13366.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BYJ9
#69: タンパク質 Ribosomal protein S23 (S12)


分子量: 16000.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0V0

+
40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 BCFHIJLMOPQRSTUWXZbcdef

#47: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 28759.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C395
#48: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 29041.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C387
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29435.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PCI6
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27146.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BZ37
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21285.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C655
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 22801.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0S0
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A


分子量: 13836.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BWQ8
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S11A


分子量: 17638.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PN83
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 16976.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F4G0
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A


分子量: 14052.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0V4
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 15967.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PK22
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 15769.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: O94017
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S17-B


分子量: 15770.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BTR7
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S18-B


分子量: 17023.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F3Y8
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A


分子量: 16097.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C5L4
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9652.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: Q9P844
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A


分子量: 14807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6F0N4
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15546.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C3K1
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13606.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BTS1
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 8982.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6BWE6
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S28-B


分子量: 7536.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A8H6C0A5
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S29A


分子量: 6615.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PTR4
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7127.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida albicans (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8PSK2

-
非ポリマー , 6種, 1545分子

#77: 化合物 ChemComp-SPK / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / 1,5,10,14-テトラアゾニアテトラデカン


分子量: 206.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H30N4
#78: 化合物 ChemComp-K16 / Cephaeline / (1~{R})-1-[[(2~{S},3~{R},11~{b}~{S})-3-ethyl-9,10-dimethoxy-2,3,4,6,7,11~{b}-hexahydro-1~{H}-benzo[a]quinolizin-2-yl]methyl]-7-methoxy-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-6-ol / セファエリン


分子量: 466.612 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H38N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#79: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#80: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#81: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#82: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Candida albicans 80S ribosome in complex with cephaeline
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#75 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc4_4035: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 粒子像の数: 254047 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006202012
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.744296622
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.19370705
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04637135
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00719322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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