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- PDB-8pm3: Crystal structure of MAP2K6 with a covalent compound GCL94 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pm3
タイトルCrystal structure of MAP2K6 with a covalent compound GCL94
要素Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Covalent / inhibitor / MAP2K6 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of prostaglandin secretion / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...cellular response to sorbitol / ovulation cycle process / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / JUN kinase kinase activity / mitogen-activated protein kinase kinase / positive regulation of prostaglandin secretion / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / PI5P Regulates TP53 Acetylation / p38MAPK cascade / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / signal transduction in response to DNA damage / stress-activated MAPK cascade / cardiac muscle contraction / regulation of signal transduction by p53 class mediator / response to ischemia / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / bone development / PKR-mediated signaling / Interleukin-1 signaling / osteoblast differentiation / cellular senescence / MAPK cascade / protein tyrosine kinase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / cytoskeleton / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / protein kinase binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
~{N}-[3-(2-azanylpyridin-4-yl)phenyl]propanamide / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, G.Q. / Seidler, N. / Roehm, S. / Gehringer, M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Probing the Protein Kinases' Cysteinome by Covalent Fragments.
著者: Wang, G. / Seidler, N.J. / Rohm, S. / Pan, Y. / Liang, X.J. / Haarer, L. / Berger, B.T. / Sivashanmugam, S.A. / Wydra, V.R. / Forster, M. / Laufer, S.A. / Chaikuad, A. / Gehringer, M. / Knapp, S.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,9658
ポリマ－131,0004
非ポリマー9654
水7,602422
1
A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9912
ポリマ－32,7501
非ポリマー2411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9912
ポリマ－32,7501
非ポリマー2411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9912
ポリマ－32,7501
非ポリマー2411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9912
ポリマ－32,7501
非ポリマー2411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.328, 97.529, 104.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / MAP kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / MEK 6 / Stress-activated protein kinase kinase ...MAP kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / MEK 6 / Stress-activated protein kinase kinase 3 / SAPK kinase 3 / SAPKK-3 / SAPKK3


分子量: 32749.885 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIG is a covalent compound / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K6, MEK6, MKK6, PRKMK6, SKK3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P52564, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物
ChemComp-ZLE / ~{N}-[3-(2-azanylpyridin-4-yl)phenyl]propanamide


分子量: 241.288 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M magnesium chloride -- 30% PEG500MME -- 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.62 Å / Num. obs: 88885 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4551 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→48.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.921 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23615 4522 5.1 %RANDOM
Rwork0.1957 ---
obs0.19771 84350 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å2-0 Å21.07 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8665 0 0 422 9087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0128851
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0168578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.64711961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5171.57219822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52751078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.4576.15452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48101595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.1433.2594348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1433.2584347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4385.8215414
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4395.8215415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0943.6774503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0943.6774504
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1096.576548
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.47632.2910231
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.45932.0110188
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 334 -
Rwork0.238 6223 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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