PDB-8paf: Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8paf

タイトル

Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[N-(3-Indolepropionic acid)sulfamoyl] 2-aminoethenoadenosine

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / HINT / HIT / histidine triad / phosphoramidase / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / histone deacetylase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / Dillenburg, M. / Wagner, C.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2025
タイトル: HINT1 Inhibitors as Selective Modulators of MOR-NMDAR Cross-Regulation and Non-Opioid Analgesia.
著者: Dillenburg, M. / Peterson, C.D. / Dolot, R. / Ligori, K. / Kitto, K.F. / Wilcox, G.L. / Fairbanks, C.A. / Wagner, C.R.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8paf.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8paf.ent.gz	49.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8paf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8paf_validation.pdf.gz	740.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8paf_full_validation.pdf.gz	742.3 KB	表示
XML形式データ	8paf_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8paf_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8paf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/8paf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8p8pC 8pa6C 8pa9C 8paiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.192, 46.550, 64.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.844, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-331- HOH

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / プラスミド: pSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-XKK / 5'-O-[N-(3-Indolepropionic acid)sulfamoyl] 2-aminoethenoadenosine / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-azanylimidazo[2,1-f]purin-3-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[3-(1~{H}-indol-3-yl)propanoyl]sulfamate 分子量: 556.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₈O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 14% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→18.486 Å / Num. obs: 13742 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 10.3 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.229 / Num. unique obs: 1116 / CC_1/2: 0.963 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.254 / Χ²: 0.88 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
CrysalisPro	1.171.41.123a	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→18.486 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 3.841 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.163 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1874	592	4.311 %
R_work	0.1357	13141	-
all	0.138	-	-
obs	-	13733	99.717 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.863 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.983 Å²	0 Å²	-0.198 Å²
2-	-	-0.522 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.407 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→18.486 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	39	291	2092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.657	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.495	1.601	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.852	5	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.371	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.021	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.259	10	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.096	10	83
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.146	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.147	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.228	1.356	964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.227	1.356	963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.866	2.426	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.866	2.425	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.788	1.567	990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.787	1.566	990
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.902	2.794	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.901	2.794	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.041	15.944	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.787	14.094	2248

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.234	39	0.156	943	0.158	983	0.959	0.983	99.8983	0.135
2.154-2.212	0.168	54	0.137	948	0.138	1002	0.983	0.988	100	0.114
2.212-2.275	0.146	33	0.121	894	0.122	927	0.983	0.991	100	0.101
2.275-2.344	0.158	44	0.117	863	0.119	908	0.984	0.991	99.8899	0.097
2.344-2.42	0.195	40	0.129	855	0.132	895	0.977	0.99	100	0.108
2.42-2.503	0.239	33	0.137	829	0.141	863	0.97	0.988	99.8841	0.114
2.503-2.596	0.232	34	0.139	804	0.143	838	0.963	0.989	100	0.118
2.596-2.7	0.172	36	0.149	788	0.15	824	0.984	0.986	100	0.127
2.7-2.817	0.226	40	0.147	725	0.151	766	0.962	0.987	99.8695	0.128
2.817-2.951	0.191	55	0.141	671	0.145	727	0.974	0.987	99.8624	0.118
2.951-3.106	0.184	31	0.155	675	0.156	708	0.98	0.986	99.7175	0.135
3.106-3.289	0.219	29	0.123	654	0.127	683	0.97	0.991	100	0.115
3.289-3.508	0.181	26	0.14	607	0.142	633	0.976	0.989	100	0.129
3.508-3.778	0.131	25	0.134	565	0.134	590	0.992	0.991	100	0.13
3.778-4.121	0.173	13	0.118	529	0.119	542	0.985	0.992	100	0.114
4.121-4.579	0.234	13	0.107	490	0.11	503	0.981	0.993	100	0.103
4.579-5.234	0.166	20	0.129	425	0.131	445	0.989	0.992	100	0.122
5.234-6.286	0.196	7	0.163	377	0.164	384	0.981	0.987	100	0.156
6.286-8.416	0.197	15	0.171	293	0.172	309	0.98	0.985	99.6764	0.166
8.416-18.486	0.158	5	0.151	206	0.151	215	0.984	0.986	98.1395	0.149

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