PDB-8p8p: Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8p8p

タイトル

Crystal structure of human Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein 1 in complex with 5'-O-[(3-Indolyl)-1-Ethyl]Carbamoyl Ethenoadenosine

要素

Histidine triad nucleotide-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / HINT / HIT / histidine triad / phosphoramidase / complex / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / histone deacetylase complex / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dolot, R.M. / Dillenburg, M. / Wagner, C.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2025
タイトル: HINT1 Inhibitors as Selective Modulators of MOR-NMDAR Cross-Regulation and Non-Opioid Analgesia.
著者: Dillenburg, M. / Peterson, C.D. / Dolot, R. / Ligori, K. / Kitto, K.F. / Wilcox, G.L. / Fairbanks, C.A. / Wagner, C.R.

履歴

登録	2023年6月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8p8p.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8p8p.ent.gz	48.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8p8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8p8p_validation.pdf.gz	690.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8p8p_full_validation.pdf.gz	691.6 KB	表示
XML形式データ	8p8p_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	8p8p_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/8p8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pa6C 8pa9C 8pafC 8paiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.725, 46.552, 64.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.738, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1 分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-X7I / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-imidazo[2,1-f]purin-3-yl-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl ~{N}-[2-(1~{H}-indol-3-yl)ethyl]carbamate 分子量: 477.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₃N₇O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10% w/v PEG4000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→19.22 Å / Num. obs: 18317 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 10.9 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1200 / CC_1/2: 0.891 / R_pim(I) all: 0.22 / R_rim(I) all: 0.4 / Χ²: 0.72 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
CrysalisPro	1.171.42.80a	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→19.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.181 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	910	4.973 %
R_work	0.1544	17388	-
all	0.156	-	-
obs	-	18298	99.381 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.134 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.89 Å²	-0 Å²	-0.4 Å²
2-	-	-0.491 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.315 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	35	267	2064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.65	2702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.505	1.598	4340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.422	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.238	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.792	10	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.604	10	83
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	978
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.094	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.272	1.367	984
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.27	1.366	983
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.964	2.449	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.964	2.448	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.883	1.588	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.882	1.587	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.08	2.81	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.079	2.809	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.735	16.536	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.487	13.658	2250

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.215	56	0.197	1249	X-RAY DIFFRACTION	98.7141
1.949-2.002	0.188	63	0.183	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.5423
2.002-2.059	0.232	70	0.161	1188	X-RAY DIFFRACTION	99.8413
2.059-2.122	0.177	63	0.153	1163	X-RAY DIFFRACTION	99.8371
2.122-2.19	0.202	66	0.141	1147	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.266	0.196	47	0.15	1112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.266-2.35	0.222	61	0.138	1051	X-RAY DIFFRACTION	99.8205
2.35-2.445	0.197	60	0.145	1022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.445-2.552	0.157	55	0.155	987	X-RAY DIFFRACTION	99.7129
2.552-2.674	0.217	50	0.164	941	X-RAY DIFFRACTION	100
2.674-2.816	0.212	47	0.158	895	X-RAY DIFFRACTION	99.7881
2.816-2.982	0.247	54	0.154	823	X-RAY DIFFRACTION	99.4331
2.982-3.183	0.213	36	0.164	822	X-RAY DIFFRACTION	99.8836
3.183-3.43	0.147	40	0.144	747	X-RAY DIFFRACTION	99.2434
3.43-3.746	0.197	23	0.144	704	X-RAY DIFFRACTION	99.4528
3.746-4.168	0.234	18	0.141	646	X-RAY DIFFRACTION	98.3704
4.168-4.775	0.117	35	0.122	535	X-RAY DIFFRACTION	97.4359
4.775-5.76	0.175	28	0.162	489	X-RAY DIFFRACTION	99.2322
5.76-7.804	0.253	17	0.193	391	X-RAY DIFFRACTION	99.7555
7.804-19.22	0.156	21	0.196	234	X-RAY DIFFRACTION	96.2264

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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