PDB-8k73: Factor-inhibiting hypoxia-inducible factor in complex with Zn(II)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k73

タイトル

Factor-inhibiting hypoxia-inducible factor in complex with Zn(II) and 2-(3-hydroxy-2-((1-(phenylsulfonyl)pyrrolidine-3-carbonyl)imino)-2,3-dihydrothiazol-4-yl)acetic acid

要素

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

キーワード

OXIDOREDUCTASE / factor-inhibiting hypoxia-inducible factor / FIH / 2OG dependent dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Corner, T.P. / Teo, R.Z.R. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Structure-guided optimisation of N -hydroxythiazole-derived inhibitors of factor inhibiting hypoxia-inducible factor-alpha.
著者: Corner, T.P. / Teo, R.Z.R. / Wu, Y. / Salah, E. / Nakashima, Y. / Fiorini, G. / Tumber, A. / Brasnett, A. / Holt-Martyn, J.P. / Figg Jr., W.D. / Zhang, X. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2023年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k73.cif.gz	192.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k73.ent.gz	128.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k73_validation.pdf.gz	788 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k73_full_validation.pdf.gz	791.7 KB	表示
XML形式データ	8k73_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	8k73_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k71C 8k72C 4b7kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (10) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
84.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.609, 86.609, 145.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase

分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 97分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-VK6 / 2-[(2~{Z})-3-oxidanyl-2-[(3~{R})-1-(phenylsulfonyl)pyrrolidin-3-yl]carbonylimino-1,3-thiazol-4-yl]ethanoic acid 分子量: 411.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₇N₃O₆S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.27 mM FIH, 0.5 mM zinc acetate, 2 mM RT105, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 6%w/v PEG400, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→74.39 Å / Num. obs: 66833 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.5 % / B_iso Wilson estimate: 58.62 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 26.6 % / R_merge(I) obs: 4.74 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 1797 / CC_1/2: 0.364 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4B7K

4b7k

解像度: 2.02→61.24 Å / SU ML: 0.3699 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3099
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	3375	5.05 %
R_work	0.201	63458	-
obs	0.2021	66833	96.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→61.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2795	0	52	81	2928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	2990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5894	4069
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0445	396
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	533
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7711	1097

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.02-2.05	0.4625	66	0.4316	1424	X-RAY DIFFRACTION	52.13
2.05-2.08	0.3792	75	0.4211	1889	X-RAY DIFFRACTION	68.1
2.08-2.11	0.4029	125	0.4041	2763	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.11-2.15	0.3941	160	0.3873	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.15-2.18	0.4074	173	0.3731	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.18-2.22	0.362	142	0.3513	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.3069	163	0.3577	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.27-2.31	0.362	109	0.3035	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.31-2.36	0.3117	144	0.2838	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.36-2.42	0.2557	161	0.263	2741	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.42-2.48	0.2872	153	0.2428	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.48-2.54	0.2626	141	0.2404	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.62	0.3147	149	0.262	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.62-2.7	0.3001	142	0.2691	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.8	0.2582	179	0.2572	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.8-2.91	0.2274	160	0.2254	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.05	0.2256	129	0.229	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.21	0.2714	146	0.2352	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.41	0.2419	122	0.2244	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.67	0.1955	147	0.1901	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-4.04	0.2249	145	0.1804	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.62	0.18	146	0.1445	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-5.82	0.1629	142	0.1507	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
5.83-61.24	0.1927	156	0.1655	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.434045613699	-0.554407466395	-0.580809902832	0.643999785355	0.748266819818	0.765337151228	-0.100219227193	-0.290534349459	0.00999875519327	0.759808857806	-0.328852478808	0.962055801805	0.292410873888	-0.617605898247	0.370561135964	0.837972270459	0.0272916138485	0.270117212304	0.583759349719	-0.0651234989693	0.811328830587	10.5983303209	-29.502384922	21.9742249564
2	1.9688375152	-0.297675670238	0.169507461281	3.28457883689	-0.03498030339	2.49428969733	0.039528930884	-0.39247729792	0.2671317542	0.491169648581	0.158774233191	-0.0790771223601	-0.107773574925	-0.0218728493354	-0.137361728913	0.867495173071	0.05073016328	0.147088612783	0.501414502959	-0.0330838258299	0.563058951691	23.0151090695	-19.7516887715	22.4146636176
3	2.75858362209	-0.48289753349	-0.0499745171851	1.34918707501	-0.0678485769904	0.662521450645	0.0205628956894	0.795801078763	0.105942096019	-0.824847348855	-0.245025205123	0.14053022813	-0.510561689636	-0.300177611508	0.219339579164	1.05675735632	0.0946635878931	-0.0526929815872	0.781165025864	0.152335846409	0.648111386551	17.5325497602	-22.2869684975	-3.85100531301
4	1.27382852968	-0.318538587967	-0.529279074498	2.96401574841	1.66155097758	2.7717308799	-0.00059918768023	0.170942250619	0.114452884733	-0.140377875687	0.0415804070076	0.263190980788	-0.31460025701	-0.0929434887593	-0.0588074763848	0.655012747542	0.0366937802583	0.0920791374574	0.427651784328	0.0423274401594	0.52584433561	20.3197208242	-25.4734107704	7.87075044341
5	1.20877761488	0.212280780102	-0.584914331142	2.71918280917	0.771338372925	2.18026801336	0.156986052766	0.121535480909	-0.106823483167	0.119023077425	0.148486181198	-0.215876615524	-0.233567802911	0.327498354953	-0.289782087898	0.657691167135	0.0286970117666	0.0609938383296	0.547253393899	-0.0286876260423	0.6967621861	29.5500791078	-26.1327284706	13.0181640659
6	1.93153500133	-0.866157248772	-0.442102849985	2.71976893864	0.213109398417	2.28227048455	-0.0218907186782	0.159775221684	0.4702494273	-0.217147059513	-0.0263134726855	-0.206767943954	-0.333045211242	0.224261857194	0.0280030915611	0.585984928586	-0.0196367648955	0.0353854715558	0.599939161516	-0.0344508078856	0.528221912598	38.7474626848	-43.7465163248	-1.63531159079

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 77 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 78 through 119 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 283 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 284 through 311 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 312 through 349 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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