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- PDB-8k4c: Crystal structure of PDE4D complexed with ethaverine hydrochloride -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k4c
タイトルCrystal structure of PDE4D complexed with ethaverine hydrochloride
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
キーワードHYDROLASE / PDE4D / Complex / Ethaverine hydrochloride / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of heart contraction / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / establishment of endothelial barrier / regulation of cardiac muscle cell contraction / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / heterocyclic compound binding / positive regulation of heart rate / adrenergic receptor signaling pathway / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / calcium channel regulator activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP binding / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cellular response to cAMP / cAMP-mediated signaling / calcium channel complex / cellular response to epinephrine stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / ATPase binding / scaffold protein binding / G alpha (s) signalling events / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VIC / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, J.Y. / Li, M.J. / Xu, Y.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Drug repurposing and structure-based discovery of new PDE4 and PDE5 inhibitors.
著者: Liu, J. / Zhang, X. / Chen, G. / Shao, Q. / Zou, Y. / Li, Z. / Su, H. / Li, M. / Xu, Y.
履歴
登録2023年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2259
ポリマ－80,1932
非ポリマー1,0327
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area27130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.691, 79.863, 162.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / PDE4D / DPDE3 / PDE43


分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D, DPDE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 119分子

#2: 化合物 ChemComp-VIC / 1-[(3,4-diethoxyphenyl)methyl]-6,7-diethoxy-isoquinoline / エタベリン


分子量: 395.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M MgCl2, 10 % (v/v) Isopropanol, 30 % (v/v) Ethylene glycol, 18 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2023年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 44763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 0.448 / Net I/σ(I): 2.2 / Num. measured all: 582646
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.1-2.1813.10.84543850.8590.9610.240.8790.412
2.18-2.26130.77144190.8920.9710.220.8020.452
2.26-2.3713.30.55843970.9380.9840.1580.580.426
2.37-2.4913.50.45344120.9610.990.1260.470.436
2.49-2.6513.10.3644540.9730.9930.1030.3740.449
2.65-2.8513.20.27344390.9830.9960.0780.2840.464
2.85-3.14130.19744560.990.9980.0560.2050.476
3.14-3.5913.40.13345060.9960.9990.0380.1380.483
3.59-4.5212.50.08945320.9970.9990.0260.0930.488
4.52-5012.10.06947630.9980.9990.020.0720.397

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→39.93 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2691 2208 4.94 %
Rwork0.2353 --
obs0.2369 44672 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 62 112 5288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4787218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.257741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036837
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005925
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.27271390.26572602X-RAY DIFFRACTION99
2.15-2.20.28351280.26382606X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.250.36541310.27742580X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.26471350.26792671X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.380.26361440.26092604X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.460.30951340.24922622X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.550.28851470.25542614X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.27831190.25832665X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.770.27161440.24322630X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.910.2971260.25262648X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.10.28341590.25162627X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.330.29371370.23992667X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.670.25171400.23322663X-RAY DIFFRACTION100
3.67-4.20.27191340.22012691X-RAY DIFFRACTION100
4.2-5.290.24091290.20382746X-RAY DIFFRACTION100
5.29-39.930.23461620.20952828X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.7988 Å / Origin y: 3.0343 Å / Origin z: 46.5671 Å
111213212223313233
T0.1571 Å20.034 Å20.0331 Å2-0.1761 Å20.001 Å2--0.2022 Å2
L0.2601 °2-0.3949 °2-0.2905 °2-0.7749 °20.736 °2--2.0509 °2
S-0.0942 Å °-0.0752 Å °0.0701 Å °0.1346 Å °0.1478 Å °-0.0205 Å °0.2459 Å °0.1774 Å °-0.0207 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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