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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fgj | ||||||
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タイトル | Structure of human neuronal nitric oxide synthase R354A/G357D mutant heme domain in complex with 6-(5-(2-(dimethylamino)ethyl)-2,3-difluorophenethyl)-4-methoxypyridin-2-amine | ||||||
![]() | Nitric oxide synthase, brain | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / nitric oxide synthase inhibitor / heme enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / tetrahydrobiopterin binding / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / tetrahydrobiopterin binding / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / arginine binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / retrograde trans-synaptic signaling by nitric oxide / positive regulation of sodium ion transmembrane transport / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cadmium ion binding / positive regulation of the force of heart contraction / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of serotonin uptake / calcium channel regulator activity / regulation of cardiac muscle contraction / nitric-oxide synthase (NADPH) / sodium channel regulator activity / nitric oxide mediated signal transduction / multicellular organismal response to stress / nitric-oxide synthase activity / xenobiotic catabolic process / arginine catabolic process / striated muscle contraction / regulation of sodium ion transport / Ion homeostasis / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / photoreceptor inner segment / cell redox homeostasis / response to hormone / sarcoplasmic reticulum / muscle contraction / cell periphery / sarcolemma / cellular response to growth factor stimulus / vasodilation / calcium-dependent protein binding / FMN binding / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to heat / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / calmodulin binding / response to hypoxia / membrane raft / synapse / heme binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Potent, Selective, and Membrane Permeable 2-Amino-4-Substituted Pyridine-Based Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors. 著者: Vasu, D. / Do, H.T. / Li, H. / Hardy, C.D. / Awasthi, A. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 704 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 586.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fg9C ![]() 8fgaC ![]() 8fgbC ![]() 8fgcC ![]() 8fgdC ![]() 8fgeC ![]() 8fgfC ![]() 8fggC ![]() 8fghC ![]() 8fgiC ![]() 8fgkC ![]() 8fglC ![]() 8fgmC ![]() 8fgnC ![]() 8fgoC ![]() 8fgpC ![]() 8fgqC ![]() 8fgrC ![]() 8fgsC ![]() 8fgtC ![]() 8fguC ![]() 8fgvC ![]() 7ts7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 48996.781 Da / 分子数: 4 / 変異: R354A, G357D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 482分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/XVZ.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/XVZ.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-H4B / #4: 化合物 | ChemComp-XVZ / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % / 解説: plates |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 8% PEG3350 35mM citric acid 65mM Bis-Tris-Propane 10% glycerol 5mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→39.57 Å / Num. obs: 109389 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 506986 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 2.909 / Num. unique obs: 5490 / CC1/2: 0.407 / Rpim(I) all: 1.473 / Rrim(I) all: 3.274 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7TS7 解像度: 2.15→39.566 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.57 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→39.566 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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