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万見
- PDB-8fgq: Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fgq
タイトルStructure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 4-(5-(2-(dimethylamino)ethyl)-2,3-difluorophenethyl)-6-methylpyrimidin-2-amine
要素Nitric oxide synthase, endothelial
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitric oxide synthase inhibitor / heme enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / tetrahydrobiopterin metabolic process / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / : / ovulation from ovarian follicle ...negative regulation of muscle hyperplasia / regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / tetrahydrobiopterin metabolic process / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / : / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / response to fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of biomineral tissue development / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / aortic valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / cadmium ion binding / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of calcium ion transport / nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of platelet activation / actin monomer binding / blood vessel remodeling / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / nitric-oxide synthase activity / endothelial cell migration / L-arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of sodium ion transport / eNOS activation / nitric oxide metabolic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / negative regulation of blood pressure / homeostasis of number of cells within a tissue / response to hormone / nitric oxide biosynthetic process / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / blood vessel diameter maintenance / VEGFR2 mediated vascular permeability / mitochondrion organization / establishment of localization in cell / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / lung development / potassium ion transport / caveola / regulation of blood pressure / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / vasodilation / endocytic vesicle membrane / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to heat / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / scaffold protein binding / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / in utero embryonic development / cytoskeleton / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding ...Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-V80 / Nitric oxide synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, H. / Poulos, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM57353 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Potent, Selective, and Membrane Permeable 2-Amino-4-Substituted Pyridine-Based Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors.
著者: Vasu, D. / Do, H.T. / Li, H. / Hardy, C.D. / Awasthi, A. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide synthase, endothelial
B: Nitric oxide synthase, endothelial
C: Nitric oxide synthase, endothelial
D: Nitric oxide synthase, endothelial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,39138
ポリマ－197,3834
非ポリマー8,00834
水11,476637
1
A: Nitric oxide synthase, endothelial
B: Nitric oxide synthase, endothelial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,75419
ポリマ－98,6922
非ポリマー4,06217
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11110 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area33860 Å2
手法PISA
2
C: Nitric oxide synthase, endothelial
D: Nitric oxide synthase, endothelial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,63719
ポリマ－98,6922
非ポリマー3,94517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area32570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.569, 151.480, 108.348
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Nitric oxide synthase, endothelial / Constitutive NOS / cNOS / EC-NOS / Endothelial NOS / eNOS / NOS type III / NOSIII


分子量: 49345.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: endothelial / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29474, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 9種, 671分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物
ChemComp-V80 / 4-(2-{5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2,3-difluorophenyl}ethyl)-6-methylpyrimidin-2-amine


分子量: 320.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22F2N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物
ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド


分子量: 157.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: rods
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-12% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS 0.2-0.3M MG ACETATE, 0.1M GdCl3 10% glycerol, 5 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→75.7849 Å / Num. obs: 97129 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.6 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.241.2781728647550.3120.7811.51.299.9
12.05-75.740.08722456190.9830.0520.10211.599.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5UO8

5uo8


解像度: 2.2→75.7849 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 27.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2462 9416 4.99 %random
Rwork0.1925 179329 --
obs0.1951 97007 98.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.9 Å2 / Biso mean: 45.4087 Å2 / Biso min: 11.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→75.7849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12813 0 502 637 13952
Biso mean--60.62 41.54 -
残基数----1605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0618789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541952
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7628039
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.2250.32953540.30385928628299
2.225-2.25120.38912910.3235918620998
2.2512-2.27860.34042740.29496071634598
2.2786-2.30750.34813450.27286002634799
2.3075-2.33780.32993240.27555935625999
2.3378-2.36990.33032760.27166076635298
2.3699-2.40370.33893440.27176022636699
2.4037-2.43960.32463150.26925894620998
2.4396-2.47770.31443640.25496014637898
2.4777-2.51840.31153000.24535919621998
2.5184-2.56180.27563030.24216036633998
2.5618-2.60840.29613310.23065956628798
2.6084-2.65850.26973620.22755962632498
2.6585-2.71280.27313350.22516040637598
2.7128-2.77180.2882980.21535919621798
2.7718-2.83630.2633150.21166044635998
2.8363-2.90720.27913440.20385891623598
2.9072-2.98580.30792680.20316032630098
2.9858-3.07370.25662640.19175998626298
3.0737-3.17290.26232930.19986004629798
3.1729-3.28630.24033140.17855958627298
3.2863-3.41790.24013400.17365884622498
3.4179-3.57340.23173110.16525900621197
3.5734-3.76180.22483210.16175975629697
3.7618-3.99750.17953050.14825956626197
3.9975-4.30610.18493150.13915838615397
4.3061-4.73940.18982940.13355994628899
4.7394-5.4250.20393310.14716082641399
5.425-6.83430.22142990.16575993629299
6.8343-75.78490.18682860.184560886374100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84110.2267-0.56331.0749-0.35851.59810.26440.440.32750.08040.21140.2509-0.5971-0.5164-0.01690.41570.20680.15970.3860.28080.375465.49831.637-184.777
21.0176-0.2111-0.41031.066-0.37221.76530.066-0.03240.0480.1480.03660.0133-0.1199-0.0323-0.06230.1446-0.0513-0.00840.13050.01720.17875.1478.412-157.072
30.72580.09520.54451.40090.00231.37360.1716-0.2583-0.19170.05810.01460.16980.4745-0.1339-0.01790.39-0.0203-0.05140.19320.10820.276894.303-33.801-194.455
40.82260.26960.38330.59590.10521.8558-0.02550.03-0.0284-0.0650.0538-0.0177-0.05480.135-0.02360.16630.0373-0.0060.1286-0.00210.1801104.591-10.232-221.732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 68:480 )A68 - 480
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 67:480 )B67 - 480
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 68:480 )C68 - 480
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 68:480 )D68 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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