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- PDB-8fgf: Structure of human neuronal nitric oxide synthase R354A/G357D mut... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fgf | ||||||
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Title | Structure of human neuronal nitric oxide synthase R354A/G357D mutant heme domain in complex with 6-(5-(2-(dimethylamino)ethyl)-2,3-difluorophenethyl)pyridin-2-amine | ||||||
![]() | Nitric oxide synthase, brain![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / myoblast fusion / ROS and RNS production in phagocytes / negative regulation of hydrolase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Potent, Selective, and Membrane Permeable 2-Amino-4-Substituted Pyridine-Based Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors. Authors: Vasu, D. / Do, H.T. / Li, H. / Hardy, C.D. / Awasthi, A. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 373.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 303.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fg9C ![]() 8fgaC ![]() 8fgbC ![]() 8fgcC ![]() 8fgdC ![]() 8fgeC ![]() 8fggC ![]() 8fghC ![]() 8fgiC ![]() 8fgjC ![]() 8fgkC ![]() 8fglC ![]() 8fgmC ![]() 8fgnC ![]() 8fgoC ![]() 8fgpC ![]() 8fgqC ![]() 8fgrC ![]() 8fgsC ![]() 8fgtC ![]() 8fguC ![]() 8fgvC ![]() 4uh5S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | ![]() Mass: 48784.496 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R354A, G357D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 728 molecules ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/XVO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/H4B.gif)
![](data/chem/img/XVO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | #5: Chemical | ![]() #6: Chemical | ChemComp-ZN / | #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.2 % / Description: plates |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.2 Details: 8% PEG3350 35mM citric acid 65mM Bis-Tris-Propane 10% glycerol 5mM TCEP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2019 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.83→38.63 Å / Num. obs: 94083 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 29.55 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.208 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 984180 / Scaling rejects: 234 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4UH5 Resolution: 1.83→37.9336 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 26.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.49 Å2 / Biso mean: 43.2268 Å2 / Biso min: 17.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.83→37.9336 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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