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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8esg | ||||||
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タイトル | Bile Salt Hydrolase B from Lactobacillus gasseri with covalent inhibitor bound | ||||||
要素 | Choloylglycine hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / bile salt hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus gasseri (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å | ||||||
データ登録者 | Walker, M.E. / Redinbo, M.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural diversity of bile salt hydrolases reveals rationale for substrate selectivity 著者: Walker, M.E. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8esg.cif.gz | 166.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8esg.ent.gz | 105.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8esg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8esg_validation.pdf.gz | 968.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8esg_full_validation.pdf.gz | 974 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8esg_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8esg_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/8esg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/8esg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8esiC 8eslC 8eteC 8etfC 8etkC 8ewtC 8faoC 7svhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37132.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillus gasseri (乳酸菌) / 遺伝子: F8244_03005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A833FHE1 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M CAPS:NaOH, pH 10.5, 2M Ammonium Sulfate. Crystals formed in a 2:1 ratio of protein:mother liquor. 2.5 uM protein was incubated with 50 uM inhibitor for 1h at 37oC. ...詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M CAPS:NaOH, pH 10.5, 2M Ammonium Sulfate. Crystals formed in a 2:1 ratio of protein:mother liquor. 2.5 uM protein was incubated with 50 uM inhibitor for 1h at 37oC. Mixture was washed 3x with buffer in a spin concentrator and then concentrated to 8 mg/mL final concentration. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→48.95 Å / Num. obs: 100941 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 63.96 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.258 Å / 冗長度: 21.7 % / Rmerge(I) obs: 6.367 / Mean I/σ(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 5296 / CC1/2: 0.209 / CC star: 0.588 / Rpim(I) all: 1.38 / Rrim(I) all: 6.518 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7SVH 解像度: 2.18→48.95 Å / SU ML: 0.4593 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.6343 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→48.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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