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- PDB-8egd: Branched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8egd
タイトルBranched chain ketoacid dehydrogenase kinase in complex with inhibitor
要素[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
キーワードSIGNALING PROTEIN / Branched-chain ketoacid dehydrogenase / Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase / inhibitors / angiotensin receptor blocker / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine catabolic process / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / L-isoleucine catabolic process / L-leucine catabolic process / oxoglutarate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process ...[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine catabolic process / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / regulation of pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / L-isoleucine catabolic process / L-leucine catabolic process / oxoglutarate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process / phosphorylation / lipid biosynthetic process / protein serine/threonine phosphatase activity / regulation of glucose metabolic process / spermatogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / 5-(4-methoxyphenyl)-1H-tetrazole / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.047 Å
データ登録者Liu, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural studies identify angiotensin II receptor blocker-like compounds as branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase inhibitors.
著者: Liu, S. / Kormos, B.L. / Knafels, J.D. / Sahasrabudhe, P.V. / Rosado, A. / Sommese, R.F. / Reyes, A.R. / Ward, J. / Roth Flach, R.J. / Wang, X. / Buzon, L.M. / Reese, M.R. / Bhattacharya, S.K. ...著者: Liu, S. / Kormos, B.L. / Knafels, J.D. / Sahasrabudhe, P.V. / Rosado, A. / Sommese, R.F. / Reyes, A.R. / Ward, J. / Roth Flach, R.J. / Wang, X. / Buzon, L.M. / Reese, M.R. / Bhattacharya, S.K. / Omoto, K. / Filipski, K.J.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,56910
ポリマ－44,2621
非ポリマー1,3079
水86548
1
A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,13820
ポリマ－88,5232
非ポリマー2,61518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area29780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.960, 111.960, 137.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-545-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase [lipoamide]] kinase, mitochondrial / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / BCKD-kinase / BCKDHKIN


分子量: 44261.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Bckdk / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q00972, [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase

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非ポリマー , 6種, 57分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-WIH / 5-(4-methoxyphenyl)-1H-tetrazole / 5-(4-メトキシフェニル)-1H-テトラゾ-ル


分子量: 176.175 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.6, 800 mM lithium sulfate, and 750 mM ammonium sulfate
Temp details: 20C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.047→96.96 Å / Num. obs: 24822 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 52.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル解像度: 2.047→2.19 Å / 冗長度: 21.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1241 / CC1/2: 0.863 / Rpim(I) all: 0.459 / % possible all: 52.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
BUSTER2.11.8 (24-FEB-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 40 / 解像度: 2.047→96.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.198
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 4 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM ...詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 4 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY NOTE 2 : PFE E 4000, represented by force field, Program OpenEye Scientific Software, Inc. helper Version: 2.4.1.2 (20170215), Method MMFF94s, weight 16.0 NOTE 3 : PFE E 4001, represented by force field, Program OpenEye Scientific Software, Inc. helper Version: 2.4.1.2 (20170215), Method MMFF94s, weight 16.0 NOTE 4 : PFE E 4002, represented by force field, Program OpenEye Scientific Software, Inc. helper Version: 2.4.1.2 (20170215), Method MMFF94s, weight 16.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2653 1226 4.94 %RANDOM
Rwork0.2392 ---
obs0.2405 24822 76.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 137.07 Å2 / Biso mean: 64.02 Å2 / Biso min: 33.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3427 Å20 Å20 Å2
2--1.3427 Å20 Å2
3----2.6854 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.047→96.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 0 83 48 2748
Biso mean--69 51.78 -
残基数----325
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d978SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes526HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2765HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion353SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2078SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2787HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3787HARMONIC20.87
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.72
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3696 26 5.23 %
Rwork0.3183 471 -
all0.3209 497 -
obs--11.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 101.864 Å / Origin y: 36.0704 Å / Origin z: 22.1676 Å
111213212223313233
T-0.4777 Å20.0745 Å2-0.0066 Å2--0.2701 Å2-0.0807 Å2---0.4765 Å2
L1.0572 °2-0.6564 °20.8326 °2-1.173 °2-1.1037 °2--4.7196 °2
S0.2504 Å °0.0803 Å °0.1196 Å °-0.1485 Å °-0.1648 Å °-0.0756 Å °0.474 Å °0.9393 Å °-0.0856 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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