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- PDB-8ecc: Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5-pppI(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ecc
タイトルStructure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5-pppI(2,5)pA
要素
  • Cyclic GMP-AMP synthase
  • Palindromic DNA18
キーワードTRANSFERASE/DNA / Transferase-DNA complex / cGAS / 5-pppI(2 / 5)pA / IMMUNE SYSTEM / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / nucleosome binding / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / double-stranded DNA binding / site of double-strand break / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / chromatin binding / DNA damage response / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-VWX / DNA / DNA (> 10) / Cyclic GMP-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Wu, S. / Sohn, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Ternary Complex of cGAS with dsDNA and Bound 5-pppI(2,5)pA
著者: Wu, S. / Sohn, J.
履歴
登録2022年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic GMP-AMP synthase
C: Cyclic GMP-AMP synthase
E: Palindromic DNA18
F: Palindromic DNA18
I: Palindromic DNA18
J: Palindromic DNA18
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,86312
ポリマ－107,3396
非ポリマー1,5246
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: HPLC of cGAS reaction using ITP+ATP as substrate shows a single dinucleotide peak. The retention time of the peak suggests it is a ATP-ITP.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10810 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area40670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.045, 98.534, 141.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 6分子 ACEFIJ

#1: タンパク質 Cyclic GMP-AMP synthase / cGAMP synthase / cGAS / m-cGAS / 2'3'-cGAMP synthase / Mab-21 domain-containing protein 1


分子量: 42640.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mouse Cyclic GMP-AMP synthase catalytic domain 147-507; There are three extra residues GTG at the N terminus (G from TEV site, TG from AgeI site).
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C6L5, cyclic GMP-AMP synthase
#2: DNA鎖
Palindromic DNA18


分子量: 5514.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 66分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-VWX / [[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-oxidanyl-5-(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 837.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N9O20P4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 32% MPD, with 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: 4-degree Celsius in cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979307 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月12日
放射モノクロメーター: horizontal bounce Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979307 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→80.9 Å / Num. obs: 34204 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 64682
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.44-2.5320.60410185210.4620.6040.8541.312.4
9.12-80.91.70.01614768770.9990.0160.02223.799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20210205データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
Coot0.9.6モデル構築
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7UUX

7uux


解像度: 2.44→80.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 28.597 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.887 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2586 1716 5 %RANDOM
Rwork0.2221 ---
obs0.2239 32438 83.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.19 Å2 / Biso mean: 56.093 Å2 / Biso min: 23.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→80.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5701 1464 88 60 7313
Biso mean--61.58 38.46 -
残基数----761
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0167642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1641.71310496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0682.7715190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.045682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18722.524309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.25151163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9841536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.501 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 9 -
Rwork0.293 196 -
obs--6.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.636-0.45410.36412.3257-0.07981.44030.0075-0.1259-0.22530.07480.0264-0.20110.18930.158-0.03390.08590.0094-0.00490.08840.020.06333.153-27.15420.105
21.8963-0.9627-0.34972.84150.61191.1897-0.0678-0.25610.16350.05510.06320.2948-0.1779-0.19070.00460.1110.0429-0.02420.1632-0.02050.0875.3638.22118.942
33.4041-0.293-1.0871.3101-1.90283.68050.0493-0.6330.08570.2570.2050.0398-0.2187-0.164-0.25430.2927-0.0896-0.09040.22570.07230.12349.701-23.1131.65
42.4382-0.515-2.02232.9783-0.34245.46290.1576-0.51740.03630.3342-0.11910.0486-0.4489-0.468-0.03860.1991-0.00150.0220.42080.00830.11219.069-23.60732.203
53.1501-1.80552.78214.07510.48924.34530.00780.17190.4123-0.1075-0.014-0.3009-0.16350.36390.00620.1215-0.08320.01710.1754-0.0580.299730.3778.51517.996
64.6724-0.51010.50464.6571-0.65363.61840.08030.50350.3556-0.2331-0.0043-0.4304-0.01670.6221-0.07610.2013-0.0066-0.05250.2497-0.09540.2130.016.7218.482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A149 - 506
2X-RAY DIFFRACTION2C149 - 506
3X-RAY DIFFRACTION3E1 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4F1 - 18
5X-RAY DIFFRACTION5I1 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6J1 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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